ms组件casetp linux 集群使用_超算服务器linux系统ms如何使用-CSDN博客

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ms组件casetp linux 集群使用

爱国版安装

./install

大部分步骤默认就行最后一个 99 退出

vim msi2020.lic ##改下里面的主机名和端口号

执行破解

./BIOVIA/BIOVIA_LicensePack/linux/bin/lp_install ./msi2020.lic

添加环境变量放到运行脚本或者放在 .bashrc 都行

export PATH:/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/bin:/BIOVIA/MaterialsStudio20.1/etc/DMol3/bin:$PATH

Linux下运行materials studio中castep如何提交任务输入文件准备：

Linux下Castep程序可以通过命令行的方式来运行，具体的方法是：

首先在Materials Studio界面下搭建相关模型，并且在Calculation对话框中进行相
关设置；
完成设置后，请按下Calculation对话框下方的Files按钮，选择Save Files；
使用Windows文件管理器打开相应的文档，在该目录下能够看到带有以下后缀的文件：.cell、.param，请将此文件拷贝到Linux的MS安装目录下的/etc/CASTEP/bin目录下；
打开.cell文件，在
%BLOCK SPECIES_POT
Al Al_00.usp
%ENDBLOCK SPECIES_POT
中可以看到所使用的超软赝势，进入Windows下的<ms安装目录>\share\Resources\Quantum\Castep\Potentials\目录中，找到这些赝势文件，并将其拷贝到Linux的MS安装目录下的/etc/CASTEP/bin目录下
进入Linux系统，选定这些文件，点击右键，在权限选项中修改这些文件的权限为可执行、可读写，并运行以下命令执行相关计算：
cd /home/<CASTEP绝对路径>/bin/ 切换路径至RunCASTEP.sh 所在路径
<CASTEP绝对路径>：CASTEP安装的绝对路径，例如/home/msi/ms/CASTEP/
./RunCASTEP.sh -np n 文件名无需后缀
-np n 使用多CPU进行并行计算，如果是单CPU，则不用此注释；如果使用多CPU，则需
要使用，例如使用双CPU，则为 -np 2 （-np是关键词，不能修改）。
注意区分大小写

输出文件：

castep文件
castep文件是最最重要的输出文件了，计算时所使用的参数，优化前的晶胞等结构信息，计算迭代过程（电子步、离子步）中能量与结构变化，优化后的结构与能量、轨道布居都在其中。

总而言之，如果想了解计算过程与结果，看这个就对了。

castep文件过于冗长，但是可读性很强，能看懂英文就能找到对应的内容，这里不再赘述（主要是懒hhh）。

geom文件
geom文件是结构优化计算所特有的。如果做分子动力学计算，生成的文件是*.md；过渡态计算则得到后缀为*.ts的文件。

geom包含了优化过程中结构的变化，使用一些可视化软件可以看到这个结构，比如

ase gui Cu.geom
用 ASE (Atomic Simulation Environment) [1]打开。（这是个好东西，后续有空可以详细聊聊）

可以看到经历了4个离子步完成了优化，最终晶格常数是3.635 Angstrom
使用ASE gui中工具栏的Tools–Movie可以看到动态的优化过程。

check文件[2]
check文件的储存电子波函数，计算参数，结构，电子密度，电子和振动性质等等，可以说是计算迭代过程的一个记录。

如果计算不小心中断了，可以通过上一篇文章中介绍的continuation关键词续算，续算需要读取check中记录的一些参数来告诉软件它算到哪了。如果不小心删除了check文件，或者覆盖了，那sorry，只能重新算了。

check文件是binary格式的，直接用cat命令或者vi等编辑器打开会是一大坨乱码。不过这个文件是写给软件看的，一般也不需要人为去读它。一般在做一些能带、轨道、波函数相关的分析时可能会用到它。

在写这篇文章的时候，看到了2017年的一篇论文：C2x: A tool for visualisation and input preparation for Castep and other electronic structure codes - ScienceDirect，C2x这样一个软件可以读取CASTEP的check文件，并且对结果进行分析和可视化。个人没有用过，不做详细介绍，如果有读取check文件中数据的需求，可以试试这个工具。

check文件是castep计算结果中最大的文件，日常科研中计算出的check文件一般几个G起步，如果电脑硬盘满了多半是check的锅。一般不建议删除……

bands文件
bands，顾名思义，就是能带。这个文件中存储了计算中全部k点的电子本征值信息，用于分析和绘制能带结构，DOS和PDOS等。

来看看FCC Cu结构优化的bands文件前20行（太长了不全放了）。

Number of k-points 108
Number of spin components 1
Number of electrons 44.00
Number of eigenvalues 47
Fermi energy (in atomic units) 0.155186
Unit cell vectors
6.869586 0.000000 0.000000
0.000000 6.869586 -0.000000
0.000000 -0.000000 6.869586
K-point 1 -0.41666667 -0.41666667 -0.25000000 0.00925926
Spin component 1
-0.03497678
-0.01124214
-0.01124212
-0.00285191
0.04052795
0.04403071
0.04403088
0.05283391
0.05421768

……
5. bib文件
bib是bibliography的缩写，这个文件中包括了计算过程中所使用的算法/软件/泛函的参考文献。

本例子生成的bib文件中有DFT-HK, DFT-KS, FBSC, MPgrid, RMP-Payne, CASTEP, BFGS, LBFGS的参考文献。

举个例子:

@article{CASTEP,
Author = {Clark, S. J. and Segall, M. D. and Pickard, C. J. and Hasnip, P. J. and Probert, M. J. and Refson, K. and Payne, M.C.},
Title = {First principles methods using {CASTEP}},
Journal = {Z. Kristall.},
Year = {2005},
Volume = {220},
Pages = {567-570},
Abstract = {The standard CASTEP reference from v3.2 onwards}
}
这个格式可以很方便地导入Endnote/Zotero等文献管理软件中，供后续写作引用。

cst_esp文件
包括静电势的输出文件，binary格式
usp文件
赝势文件，前几行是元素截断能（cut-off energy）和计算精确度的一个对应，不过截断能一般通过收敛性测试确定，很少直接使用这个数值。比如对Cu的赝势：

272 COARSE
327 MEDIUM
354 FINE
566 EXTREME
后面几行是对于赝势的一个report，感兴趣的可以读读。

总结
一般来说，对于结构优化计算，主要通过castep文件查看计算得到的能量等信息，通过geom文件来查看优化过程中的结构变化；万一任务中断需要续算或希望了解计算中的波函数等信息，check文件必不可少；涉及能带结构的计算与绘制，主要使用bands文件；写论文的时候，参考bib文件可以方便快捷地引用；想进一步了解赝势的电子结构，看usp文件。