使用R语言---ggplot2包绘制富集分析气泡图

代码如下：

#首先要保证自己已经安装了可以读取.xlsx的包#

library(readxl)
qwe<-read_xlsx("file.xlsx")#file就是你的文件夹的名。注意路径要正确#
library(ggplot2)
pathway = read_xlsx("file.xlsx")  
p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway))  #读取文件中的数据，横坐标数据为Pvalue，纵坐标数据为Pathway#
p=p + geom_point()  
p=p + geom_point(aes(size=Count)) #根据Count设定气泡大小#
pbubble = p+ geom_point(aes(size=Count,color=(-1)*log10(qwe$Pvalue)))#设置渐变色#
pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
pr = pr+labs(color=expression(-log10Pvalue,size="Count",   #图例上方标题为“-log10Pvalue”#
             x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")
pr + theme_bw()
ggsave("out.pdf")#保存为pdf，并且命名为“out”#
ggsave("out2.png",width=4,height=4) #调整画布的大小#

注：把"file"改成自己的文件的名称。
注意使用getwd（）查看自己的路径是否正确。