![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756918.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
生物信息
mondayz11
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
linux批量下载基因组、基因序列、基因组注释信息
输入参数为:python3 down.py -i list -o .,-i参数为你想要下载的accession_number号,-o参数为输出路径;ncbi虽然有提供专门的下载的方式,但是比较复杂,如果想知道怎么下载的,可以私聊我。我这里所提供的是我改过的,可以更加方便,快捷;话不多说,批量下载开始!需要先用conda安装一个 datasets软件,然后就可以使用咯。原创 2024-04-08 09:57:30 · 419 阅读 · 0 评论 -
用primer3批量设计引物
不过,在这之前要先保证python里有pandas、primer3-py和biopython这3个包。运行命令为:python3 primer.py {详细引物文件} {引物文件}primer3有提供批量设计引物的方法,话不多说,直接放脚本!原创 2024-03-18 10:28:05 · 1130 阅读 · 0 评论 -
ncbi批量下载蛋白序列和基因序列
这个包提供根据assession number来批量下载多条序列,如果各位想知道具体用法,可以--h看看功能,我这里就不具体阐述;ncbi虽然有提供批量下载蛋白序列和基因序列的方法,但是一次性最多好像只能下载300条序列,,但是对于我们生信分析来说,有点不够用了,因为平时 可能需要下载几百、上千条序列;这就是批量下载基因序列和蛋白序列得方法了,如果有啥问题,可以留言,我会及时回复得!如果去ncbi下载,得下到猴年马月去,所以果断使用python脚本来获取;我们这里可以看到总共需要300多万的序列;原创 2023-11-28 10:51:40 · 2215 阅读 · 0 评论