linux常用命令

#查看当前路径
pwd
 
#查看历史记录
history
 
#查看某个文件夹内容
ls 文件名
 
#退出编辑模式  ESC键
#编辑模式  小i键
 
#查看进程
top
#关闭
q
 
#查看用户进程
ps -aux | grep xxx
 
#查看服务器空闲
free -h
 
#查看挂起后台进程
jobs
 
#中止程序
kill 任务编号
 
#查看特定文件大小权限
ls -lh S_S10.bg.bam 
 
#脚本挂起
nohup ./bwa_samtools.sh &
#运行内容文件：nohup.out
bwa_samtools.sh 执行权限
 
#回到家目录
cd 
cd ~
 
#查看隐藏文件
ls -al
 
#重复的多行记为一行
sort (文件名) | uniq
 
#新建文件夹
mkdir test
 
#将文件名导入到文件中
ls > list.txt
 
#将文件名一部分导入到文件中
ls *_1_clean.fq.gz | awk -F "_" '{print$1}'> list
ls *bam | awk -F "." '{print$1}' | awk -F "_" '{print$2}'> list
 
#将文件复制到文件夹中
cp *.html qc.html/
 
#将文件移动到文件夹中
mv *.html qc.html/
 
#查看文件
vim list.txt

#删除
dd
 
#删除乱码文件
ls -i
#空
find -inum 144115894463853489 -delete
#有内容
find -inum 144115894463853502 -exec rm -rf {} \;
 
#文件夹里有多少文件
ls xxx | wc -l
ls *_1_clean.fq.gz | wc -l
 
#当前目录
ls | wc -l
ls | wc -w
  
#一个文件多少行
wc -l (文件名)
 
#一个文件保留几行
split -l 10 list.txt
bashshell 解释器 
.sh .bsh .bash 脚本
 
#编写脚本
#!/user/bin/bash
fastqc= / / /
output= / / /result
$fastqc -o $output $list
 
#强制退出
=q!
 
#命令强制推出
ctrl c 键
 
#寻找命令
which plink
 
#复制
cp -plink / / /
 
#更新、重新加载
source .bashrc

#查找特定字符
cat mer.vcf | grep scaffold
 
#特定字符有多少行
find mer.vcf | xargs cat | grep .*scaffold*. | wc -l
grep A07 mer1.vcf | wc -l
 
#查看文件后几行
tail -10 mer.vcf

#执行文件操作
chmod 770 mer1.vcf
 
#添加执行权限
chmod a+x (文件名)
 
#阅读某几行文件
cat mer.vcf | tail -n +288338(从第几行开始) | head -n 5(向下几行) | sort | uniq -c
 
#删除带有某些字符的特定行
cat mer.vcf | grep -v 'scaffold' > mer3.vcf
cat mer3.vcf | grep -v '^#' > mer6.vcf
 
#提取文字
grep "0/0"  out.1.vcf  > haha
 
#删除文件夹
rm -r
 
#下载
conda
wget https://tassel....
sudo apt install default-jre
 
#到root用户
su root
 
#文件重命名
mv S_S10.bg.bam S10.bg.bam
cat list | while read i; do mv S"_"$i.bg.bam $i.bg.bam; done

#查看最大文件数
ulimit -a
 
#java版本
java -version
 
#环境变量
export PATH=/home/lihuihui/samtools_installation.dir/bin/:$PATH
 
#更新环境变量
source ~/.bashrc
 
#快捷键
alias cds='cd /datalus/xxx/xxx'
 
#下载包
wget http://mirrors.kernel.org/gnu/m4/m4-1.4.13.tar.gz
tar xvfz m4-1.4.13.tar.gz 
./configure --prefix=/datalus/m4 
./configure --prefix=/datalus/mpfr --with-gmp=/datalus/gmp
source .bashrc
make
make install
 
#查看本地
/mnt/c/xxx/gatk-4.1.3.0 ./

#解压缩
tar -jxvf ×××.tar.bz2
tar -zxvf ×××.tar.gz
gzip -d ×××.gz
 
#压缩
gzip ×××