使用admixture进行群体结构分析

软件下载网址：http://software.genetics.ucla.edu/admixture/download.html

#使用vcftools进行格式转换，plink.ped与plin.map文件
vcftools --vcf maftest.vcf --plink --out adsaixuan

#过滤SNP文件
plink --noweb --file adsaixuan --hwe 0.0001 --make-bed --out QC

#群体结构分析，设置K（如1-7）
for K in 1 2 3 4 5 6 7; do admixture_linux-1.3.0/admixture --cv QC.bed $K | tee log${K}.out; done

#提取出CV值
grep -h CV log*.out

CV error (K=1): 0.55248
CV error (K=2): 0.48190
CV error (K=3): 0.47835
CV error (K=4): 0.48236
CV error (K=5): 0.48985
#值越小越好

相关参考网站：

admixture 群体结构分析 - 简书

【一起学生信】群体结构图形—structure堆叠图_探索者v的博客-CSDN博客_structure群体结构

科学网—群体结构分析之Structure 篇完整版（By Raindy） - 高芳銮的博文

Admixture：一款快速分析群体遗传结构的软件_.ped