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RSS订阅原创 基因家族进化分析之DNA序列批量获取
使用方法参考: 基于全基因组的基因家族分析（3）：SlNRAMP家族基因CDS和Genomic DNA序列获取Gene序列要获得的ID号不仅仅是seqid，而且还需要在染色体上的位置信息——起始和终止位置，以及染色体编号。这里就需要用到其他两个数据文件了，就是基因组序列（dna）和基因组注释文件（gff3）。思路——首先根据已经获得的ID号从gff文件中获取染色体位置信息，然后再用bedtools工具根据得到的染色体位置信息来获取基因的序列，最终得到基因集。代码如下。#!/bin/bashc=
2021-03-07 17:45:15
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原创 基因家族进化分析之CDS批量获取
方法来源https://www.jianshu.com/p/9f96fc7438aa文件名提取方法参考以下。https://my.oschina.net/u/2391658/blog/1927707需要将cds文件和seqid文件放在同一文件夹。#!/bin/bashb=$(ls *.cds)for j in ${b}do cds=`basename ${j} .cds` echo "We have cds files ${cds}" for i in
2021-03-07 13:20:37
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原创 基因家族进化分析之HmmerSearch批量处理
‘’’ bash#!/bin/bashmkdir search_outmkdir sequencemkdir protein.hmm文件和pep蛋白文件要放在同一文件夹dir=(ls∗.fa)n=(ls *.fa)n=(ls∗.fa)n=(ls *.hmm)for i in ${dir}; doecho “search *.hmm against ${i}”hmmsearch -o ${i}.hmmout --noali -E 1e-5 ${n} ${i}echo “extract s
2021-03-05 12:27:06
2547
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