Hmmer软件安装
Hmmersearch使用
Ensembl和NCBI基因组下载
samtools安装
sudo apt install samtools
此shell脚本可用hmmsearch批量处理文件
需要更名,如拟南芥pep文件更名为ath.pep。
需要将pep文件和hmm文件放在同一文件夹。
预先安装hmmer和samtools软件。
#!/bin/bash
a=$(ls *.pep)
hmm=$(ls *.hmm)
Hmmer软件安装
Hmmersearch使用
Ensembl和NCBI基因组下载
samtools安装
sudo apt install samtools
此shell脚本可用hmmsearch批量处理文件
需要更名,如拟南芥pep文件更名为ath.pep。
需要将pep文件和hmm文件放在同一文件夹。
预先安装hmmer和samtools软件。
#!/bin/bash
a=$(ls *.pep)
hmm=$(ls *.hmm)