基因家族进化分析之HmmerSearch批量处理

最新推荐文章于 2024-03-08 23:52:37 发布

白在宣EF

最新推荐文章于 2024-03-08 23:52:37 发布

阅读量2.4k

点赞数

分类专栏：基因家族进化分析文章标签： shell 生物信息学

版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_50656920/article/details/114388723

版权

本文介绍了如何利用Hmmersearch进行基因家族进化分析，并通过Shell脚本实现批量处理。首先讲解了Hmmer软件的安装，接着阐述了从Ensembl和NCBI下载基因组数据的过程。此外，还提到了samtools的安装，以及使用Shell脚本自动化hmmsearch对pep文件进行更名和处理的要求。预先安装hmmer和samtools是进行批量处理的前提。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Hmmer软件安装
 Hmmersearch使用
 Ensembl和NCBI基因组下载
samtools安装

sudo apt install samtools

此shell脚本可用hmmsearch批量处理文件
需要更名，如拟南芥pep文件更名为ath.pep。
需要将pep文件和hmm文件放在同一文件夹。
预先安装hmmer和samtools软件。

#!/bin/bash


a=$(ls *.pep)
hmm=$(ls *.hmm)

最低0.47元/天解锁文章

关注

0
点赞
踩
6

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
基因家族进化分析之HmmerSearch批量处理

‘’’ bash#!/bin/bashmkdir search_outmkdir sequencemkdir protein.hmm文件和pep蛋白文件要放在同一文件夹dir=(ls∗.fa)n=(ls *.fa)n=(ls∗.fa)n=(ls *.hmm)for i in ${dir}; doecho “search *.hmm against ${i}”hmmsearch -o ${i}.hmmout --noali -E 1e-5 ${n} ${i}echo “extract s
复制链接

扫一扫

专栏目录

评论

被折叠的条评论为什么被折叠?

到【灌水乐园】发言

查看更多评论

添加红包

成就一亿技术人!

hope_wisdom

发出的红包

实付元

使用余额支付

点击重新获取

扫码支付

钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。