JMbayes2包学习笔记——Day2

学习途径：动态预测模型最新R包-JMbayes2包教程(2)-Dynamic_Predictions (qq.com)

代码段1：

 fm1 <- lme(
  # log(serBilir) 是响应变量，它是 serBilir 的对数值。
  # ns(year, 3) * sex 是固定效应部分的模型公式。
  # ns(year, 3) 表示 year 变量的自然样条函数，3 是自由度。
  # * sex 表示与 sex 变量的交互效应。
  log(serBilir) ~ ns(year, 3) * sex, 
  
  # data = pbc2 指定了用于拟合模型的数据集。
  data = pbc2,
  
  # random = ~ ns(year, 3) | id 指定了随机效应的模型公式。
  # ~ ns(year, 3) | id 表示 id 的随机效应是 year 的自然样条函数。
  random = ~ ns(year, 3) | id, 
  
  # control = lmeControl(opt = 'optim') 指定了模型的控制参数。
  # opt = 'optim' 使用 'optim' 函数来优化模型。
  control = lmeControl(opt = 'optim')
)

代码段2：

fm1 <- lme(log(serBilir) ~ year * sex, data = pbc2, random = ~ year | id)

这两段代码的目标是拟合相同的纵向模型，但是它们使用了不同的方法来表示年份（year）和性别（sex）之间的关系。

1. 第一段代码:

使用了自然样条函数 `ns()` 来建模年份（year）和性别（sex）之间的关系。具体来说，`ns(year, 3)` 表示对年份应用三次自然样条函数，这允许对年份的非线性关系进行拟合。此外，`* sex` 表示考虑年份和性别的交互效应。

2. 第二段代码:

使用了年份（year）和性别（sex）的交互项 `year * sex` 来表示它们之间的关系。这样的模型通常假设年份和性别之间的关系是线性的。没有使用自然样条函数，因此模型的非线性能力相对较弱。

总体来说，第一段代码使用了更灵活的自然样条函数来对年份的非线性关系进行建模，而第二段代码则使用了简单的线性关系。具体选择哪一种形式要取决于数据的性质以及对年份和性别之间关系的理论理解。使用自然样条函数的模型通常更能适应复杂的非线性趋势。