【作业】{r} ：自编实现K-Means聚类算法的函数，且画出每一次迭代中每组中心点的变动情况

作业要求：

        在本节中, 我们想要通过自己编写一个K-Means函数来更加深入的理解K-Means算法的流程. 并且在输出k个中心点位置和k个分组的基础上, 还想在每一次迭代中画出当前中心点的位置, 以便将这个算法动态的展示出来.

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 附上完整代码

（1）

# 定义函数
my_kmeans = function(data, k, err){
  # 导入数据
  dat = as.matrix(data)
  # 选取k个初始中心
  idx = sample(1:nrow(data),k)
  c = matrix(NA, nrow = k, ncol = ncol(dat))
  for(n in 1:k){
    c[n,] = dat[idx[n],]
  }
  # 保存每次迭代的中心点
  save = list(c)
  # 迭代次数
  count = 0 
  
  repeat{
    # 计算每一个样本对于聚类中心的距离，保存在一个150*k的矩阵中
    mat = matrix(NA, nrow = nrow(dat), ncol = k)
    for(i in 1:nrow(dat)){
      x = dat[i,]
      for(j in 1:k){
        mat[i,j] = sqrt(sum((x - c[j,])^2))        
      }
    }
    
    groups = apply(mat, 1,which.min)
    cnew = matrix(NA, nrow = k, ncol = ncol(dat))
    for(n in 1:k){
      cnew[n,] = apply(dat[groups == n,], 2, mean)
    }
    
    # 终止条件
    condition = c()
    for(n in 1:k){
      condition[n] = sqrt(sum((cnew[n,] - c[n,])^2)) < err
    }
    
    for(n in 1:k){
      c[n,] = cnew[n,]
    }
    save = c(save,list(c))
    count = count + 1 
    
    if( !(F %in% condition) ) 
      break
  }
  result = list(groups,c)
  names(result) = c("Groups","Cluster_centers")
  return(c(result,list(save,count)))
}

（2） 

dat = iris[,1:2] # 数据
k = 3 # 分几类

# 引用函数
re = my_kmeans(iris[,1:2], 3, 1e-10)


# 提前设置好颜色
## install.packages("RColorBrewer")
library(RColorBrewer)
display.brewer.pal(12,"Paired")
co = brewer.pal(12,"Paired") # 配置的颜色数目不能超过k


# 动图展示聚类中心的变化过程
## install.packages("animation")
library(animation)
saveGIF(
  {
    for(i in c( 0:re[[4]], rep(re[[4]],5) )){  # rep这里是为了让最终的聚类中心停留更长时间
      # 底图部分
      plot(x=iris[,1], y=iris[,2], col=re$Groups,
           xlab='花萼长度', ylab='花萼宽度', asp=1, type="n",
           main="每次迭代中心点的变化")
      for(j in 1:k){
        points(dat[re$Groups == j,][,1:2],col=co[j])
      }
      # 变化部分
      points(re[[3]][[i+1]][,1:2],pch=22,cex=2,
             col=co[1:k],bg=co[1:k])
      # 增加部分
      if(i == re[[4]]){
        text(7.2,4.5,labels = "聚类中心", cex=1.5)
        }
    }
  }, interval=0.5, ani.width=400, ani.height=400, movie.name="娜可露露.gif"
)

结果展示：