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RSS订阅原创 根据向量求旋转矩阵
最近在进行项目的时候需要将两个面进行旋转统一到一个面，但matlab中并没有一个合适的库函数去做这件事，于是自己开发，但网上很多对罗德里格公式的推导并不是很清晰，各关系式之间的逻辑关系之间的阐述有断层，也没有配相关的代码解析。因为向量V在围绕单位向量K旋转的过程中K方向的分量（范数和方向)不会改变。看上图，初始我们有向量V和单位向量K，V围绕单位向量K旋转角度为θ得到的向量为V。成90°，且两者的模相等，这是由于（你可以证明一下，这很简单） 向量V与单位向量K的叉积得到的新向量与V。
2022-10-21 16:51:34
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原创 C语言学习笔记
栈是用来存储函数调用信息的绝好方案，这是由于栈后进先出的特点精确地满足了函数调用和返回顺序。其缺点是占用了相当大的空间。当一个数组标记符在表达式中出现时，C语言显然会把数组转化为一个指向数组第一个元素的固定指针；如果想更好的使用栈来了实现递归，可以采用尾递归的方式来节省空间。从指针的定义出发 这是一个指针嵌套；结构指针是一个数据结构的重要组成部分。最常见得用途是 用来引用数据集合；如果要访问一个二维数组如。
2022-10-17 09:35:26
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原创 Charmm的安装，在ubuntu上
sudo apt install cmakesudo apt install gfortrancharmm的资源链接：https://pan.baidu.com/s/1RO6GTS8ckBL9wXPmte8zSA?pwd=cbbq提取码：cbbqtar xvzf charmm.tar.gz./configurecd build/cmakemakemake install即可完成安装
2022-05-23 16:32:20
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原创 Gromacs（三） NPT平衡
还记得上一节讲的NVT平衡吗？我们用周期性边界条件来满足粒子数不变，用粒子的速度符合该温度下喀尔兹曼分布来满足温度不变的限定，由于盒子的体积固定，所以我们并没有加以限制。但是在NPT平衡中，我们需要面对这个问题，如何让压力恒定，我们的做法就是改变盒子的大小，与恒温器相同，我们这里用的是barostat（恒压器），他会随着盒子压力的变化来改变盒子的体积以保证压力的不变，这是最符合实验条件下的系综了。上面这个就是最常用的Parrinello-Pahman pressure coupling 的公式
2022-03-18 16:34:45
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原创 Gromacs 的第一步_能量最小化
我们在进行分子动力学模拟的时候，由于我们获得的pdb文件（如蛋白质文件）是通过x射线得到的，其中含有很多能量过高的键角、扭曲等，所以我们在进行分子动力学模拟的第一步就是要将这些不合理的点扭转回来。建议在分子动力学模拟之前先用vmd观察一下所要进行模拟的物质，这便于你理解和操作接下来的内容。我在这里选用的是葡萄糖氧化酶 （1GPE)。用vmd看到的图像是：Gromacs需要的是一个全原子文件，我们可以看一下 RCSB网站上给出的pdb文件类型都包含了哪些信息。这篇博文给出了详细解答，请移...
2022-03-14 20:06:33
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原创 葡萄糖氧化酶在电场下的分子动力学研究
葡萄糖氧化酶简称Gox（以下用此简称），含有两个黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）作为辅基在催化过程中，GOx中的FAD转化为FADH2,随后FADH2将将两个H原子转给O2，从而形成过氧化氢。在这个反应中D-葡萄糖酸内酯会水解产生葡萄糖酸，在反应的过程中无论是过氧化氢还是葡萄糖酸，都会对GOx的反应活性产生抑制。GOx是一种寡聚酶，由两个或多个亚基通过二硫共价键连接起来,FAD位于每个单体分子内部，与其紧密结合而非共价键连接。GOx的活性部位位于酶的内部。其pdb的文件名为：1gpe.pdb。这篇文章给
2022-03-11 16:08:18
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原创 Lagrange 方程（2）
考虑一个由N个粒子构成的系统，其收到k个理想完整约束，所以其自由度为 s=3N-k。所以有方程;假设第i个粒子在t时刻的质量为,位矢为=（),所受到的主动力的合力为,约束力的合力为,于是根据牛顿方程...
2022-03-11 11:11:41
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原创 傅里叶变换(一）
傅里叶变换由基本出发，一个函数f(x)用傅里叶级数表达那么首先引出的一个问题是 这个方程里的三个参数如何确定呢？是最好求得，自然而然的就能得出由于后面两项均为0，则可化简为 由此可得然后需要引出和,他们的求取方式相同，这里只展示一种，将其拆项后，显而易见，第一项为零，于是化为详见开头的三个公式可得对应的这就是第一节的内容。...
2022-03-10 21:46:41
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原创 无监督聚类识别有机分子同分异构体
在有机化学中，由于化学键之间的转动自由度。会出现同分异构体。这种现象在蛋白中尤为明显，在该文章中 以具有两个polymorphic forms。该实验以此为基础，探究 在液相，气象中的各构象的分布，并利用密度聚类算法，识别特征构象配置，从而将几百种构象分布划分为12个类别。其中概率最高的，为最常见的构象...
2022-03-10 20:13:29
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原创 Lagrange方程
1.定义约束力：一个力学系统被约束物所施加的力称为约束力。他们与约束物本身，作用在该系统上的其他力及运动状态有关主动力：非约束力就是主动力。2.广义坐标位矢的广义坐标=(,t) {s<3N}从而可以得出位矢的微分形式实位移：由于质点运动而实际产生的位移。虚位移：想象中质点符合约束条件的位移，记为,因为虚位移不因时间而改变所以。因此例如：一个在静止环上的质点，圆的约束方程为,因此质点在该条件下的虚位移方程为，约分后为3.虚功：作用于质点点上..
2022-03-09 23:31:44
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原创 Gromacs的使用的
第一章 Gromacs的安装文章目录系列文章目录 前言 一、pandas是什么？ 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结一、GrommacsGromacs是分子动力学模拟中必不可少的工具，需要注意的是在MD的模拟中是不涉及化学键的建立和生成的,它停留在原子的键角，键长，范德华力和库仑力的平面上，如果你想探究原子之间成键的现象以及电子云的运动，请把注意力放在Gaussian上来。其次Gromacs是运行在Linux系统上的，他的操作一般以命令的形式进
2022-03-09 17:37:52
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原创 maven linux 安装
首先官网https://maven.apache.org/download.cgi下载对应的包 记得是bin.tar.gz然后进行解压#切换到你想安装的位置cd /usr/local/srcwget https://dlcdn.apache.org/maven/maven-3/3.8.4/binaries/apache-maven-3.8.4-bin.tar.gztar -xzvf apache-maven-3.8.4-bin.tar.gz mv apache-maven-3.5.3 .
2022-03-08 22:05:13
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原创 cenos 7 配置MySQL
首先下载MySQL官方的yum repository:wget -i -c http://dev.mysql.com/get/mysql57-community-release-el7-10.noarch.rpm然后运行这个repositoryyum -y install mysql57-community-release-el7-10.noarch.rpm此时会提示你密钥过期 运行下面命令更新密钥rpm --import https://repo.mysql.com/RPM-GP
2022-03-08 17:06:38
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原创 Linux 安装java
1.首先官网https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java8下载对应的jdk2.在/usr/java位置安装， 所以首先创建对应的文件夹：mkdir /usr/javacd /user/javawget ("你想要的jdk版本")$jdktar -xzvf $jdk3.设置环境变量vi /etc/profileset java environmentJAVA_HOME=/usr/java/$jdk .
2022-03-08 13:54:02
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原创 ATP synthase
关于ATP合酶学习的总结学习内容About ATP synthase ：It has been first finded by David Keilin …But now ,we had finded the ATP synthases are multisubunit enzyme complexes,it’s picture blow:Under aerobic condition,the ATP synthase make ATP from ADP and pi.They have tw
2022-03-08 10:29:55
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空空如也
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