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gromacs
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弓杯蛇影
学生,暂时从事物理,化学工作。
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Gromacs(三) NPT平衡
还记得上一节讲的NVT平衡吗?我们用周期性边界条件来满足粒子数不变,用粒子的速度符合该温度下喀尔兹曼分布来满足温度不变的限定,由于盒子的体积固定,所以我们并没有加以限制。但是在NPT平衡中,我们需要面对这个问题,如何让压力恒定,我们的做法就是改变盒子的大小,与恒温器相同,我们这里用的是barostat(恒压器),他会随着盒子压力的变化来改变盒子的体积以保证压力的不变,这是最符合实验条件下的系综了。上面这个就是最常用的Parrinello-Pahman pressure coupling 的公式原创 2022-03-18 16:34:45 · 3864 阅读 · 3 评论 -
Gromacs 第二步——NVT平衡
gromacs的NVT平衡原创 2022-03-16 19:56:08 · 5367 阅读 · 0 评论 -
Gromacs 的第一步_能量最小化
我们在进行分子动力学模拟的时候,由于我们获得的pdb文件(如蛋白质文件)是通过x射线得到的,其中含有很多能量过高的键角、扭曲等,所以我们在进行分子动力学模拟的第一步就是要将这些不合理的点扭转回来。建议在分子动力学模拟之前先用vmd观察一下所要进行模拟的物质,这便于你理解和操作接下来的内容。我在这里选用的是葡萄糖氧化酶 (1GPE)。用vmd看到的图像是:Gromacs需要的是一个全原子文件,我们可以看一下 RCSB网站上给出的pdb文件类型都包含了哪些信息。这篇博文给出了详细解答,请移...原创 2022-03-14 20:06:33 · 3118 阅读 · 0 评论 -
Gromacs的使用的
第一章 Gromacs的安装文章目录系列文章目录 前言 一、pandas是什么? 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结一、GrommacsGromacs是分子动力学模拟中必不可少的工具,需要注意的是在MD的模拟中是不涉及化学键的建立和生成的,它停留在原子的键角,键长,范德华力和库仑力的平面上,如果你想探究原子之间成键的现象以及电子云的运动,请把注意力放在Gaussian上来。其次Gromacs是运行在Linux系统上的,他的操作一般以命令的形式进原创 2022-03-09 17:37:52 · 1850 阅读 · 1 评论