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RSS订阅原创 GEO下载的数据在R中读取和注释
读取GEO下载的矩阵和注释加载包 ----library(readxl)library(tidyverse)library(GEOquery)读取 series_matrix文件 ----GSE_data <- getGEO(filename = “data\GSE14520-GPL571_series_matrix.txt.gz”, getGPL = F)pd_GSE_data <- pData(GSE_data) #观察临床信息中的data processing,Microar
2021-12-06 20:28:05
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4
原创 2021-10-25单细胞，提取特定基因表达到metadata
### 提取某一基因的表达值到metadata中expr <- sce@assays$RNA@scale.datagene_name <- c("CXCL10")gene_expression <- expr %>% .[gene_name,] %>% #t() %>% as.data.frame()colnames(gene_expression) <- paste0(gene_name)identical(colnames(sce.
2021-10-25 17:10:44
4911
1
原创 单细胞-GSVA
### 加载安装包library(GSEABase)library(clusterProfiler)## devtools::install_github("GSEA-MSigDB/GSEA_R")library(GSEA)library(GSVA)#######每个细胞的GSVA-------------m.cell <- as.matrix(sce2@assays$RNA@scale.data)es.dif <- gsva(m.cell, gene_set,kcdf=".
2021-10-25 10:30:50
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原创 R语言学习
文章目录绘图基本知识1、基本几何对象类型和映射参数2、绘图细节~标量控制3、绘图细节~文字控制4. 统计变换5. 位置调整6.坐标系7、其它8、常见绘图patterns频数分布直方图散点图——–查看两个因素之间的相关性箱线图条形图创建向量和保存向量读取和保存文件向量命名用字符向量给保存的文件命名data.frame 转化为 list行名转换为一列了解向量结构获取特定向量（子集）构建向量（未整理）符号字符处理常见函数（未整理）数学运算函数运行内存常见R包R包汇总dplyer包处理数据和关系数据条件执行1. i
2021-10-24 12:02:41
1300
空空如也
空空如也
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