### 提取某一基因的表达值到metadata中
expr <- sce@assays$RNA@scale.data
gene_name <- c("CXCL10")
gene_expression <- expr %>%
.[gene_name,] %>%
#t() %>%
as.data.frame()
colnames(gene_expression) <- paste0(gene_name)
identical(colnames(sce),row.names(gene_expression))
sce$CXCL10 <- gene_expression[,paste0(gene_name)] # CXCL10, 这里需要修改为目标基因
identical(sce@meta.data[,paste0(gene_name)],gene_expression[,paste0(gene_name)])
meta <- sce@meta.data
2021-10-25单细胞,提取特定基因表达到metadata
最新推荐文章于 2023-09-14 16:05:11 发布