最近在安装q2studio,一直报错,找了很多原因最终还是解决了,在这里简要地写一下安装q2studio我遇到的问题。
可参考官方最新的教程https://docs.qiime2.org/2021.2/interfaces/q2studio/,有相关疑问可以去qiime2的社区讨论,很多相似的问题Google和百度其实是搜不出来这些的。
1.需要Node.js,2021.2的教程中有下载node.js的命令,可以直接下载;
2.记得一定要激活qiime2的conda环境;
3.我的问题是在q2studio的路径下“pip install ." 时会报错,具体的错误截图没有保存下来,大致内容是,“OSError”,后面写着“Error22:Invalid argument”然后跟着一大堆路径。我尝试直接base环境安装又显示找不到qiime2。最后想了一下可能是两个问题——a.我的node.js是安装在了qiime2环境里,base里面没有,因此base中也下载了一个;b.我的q2studio下载文件是在D盘,因此我重新在和conda相同路径“~”中下载了q2studio的zip。把这两个都做了就发现可以了,具体也不清楚是哪个起作用了,有同样问题的网友可以参考一下;
4.用windows配置的Ubuntu子系统,好像根据qiime2摄图的解答来看,16.04的版本是可以解决一些依赖关系,后面的版本好像可能有点可视化窗口的问题。我使用的是18.04的版本,有许多npm依赖的包需要自己下,但是依旧还是有很多bug。我使用了Ubuntu的虚拟机,前期会和子系统报一样的错误,后面下完显示的缺失的包就可以了。
安装q2studio的血泪史
最新推荐文章于 2022-03-13 11:48:46 发布