空间转录组目前之现状与临床运用

作者,Evil Genius
大家好,2024年开始,又到了国内各位老板最喜欢的降本增效、降薪裁员的环节了,不知道大家还好么?
这一篇我们来分享一下关于目前空转的现状和临床运用的相关内容,目前来讲单细胞的时代仍然在继续,但是利润上大幅缩水,预计2024年单细胞的价格还会继续下降,其实这对于研究者和公司都不算好消息,因为降价意味着发文门槛会变高,而且现在都是大样本、多组学的时代了,即使做了很多的样本,也需要一个资深的生信人员来分析,分析能力和经验成为了对我们这样的生信人员新的要求,前面的内容都已经提到过,目前总结出来的高分文献无一不是多组学,其中至少包含单细胞、空间、VDJ、外显子、宏基因组,单一组学早已无法满足科研需求,其实钱并没有少花、利润却在下降、样本越来越多、多组学也要跟上、分析如果找人或者公司又是一大把费用,自己培养人时间和成本更贵,这似乎是一个难题。
其实公司层面也不好过,国产单细胞平台有20多款,做一个样本最低价跌破6000,10X公司的单细胞由于各大公司拆分试剂的原因,售价从原来的1万6到现在的跌破1万,预计2024年的销售底价会跌破9000,有一个公司降价或者优化、大家都会跟进,无尽的内卷带来的还是利润下降、恶性竞争、降本增效,无论怎么讲,好像都没有赢家。
那么破局之路在哪??其实早已有了答案,前面一直提到说单细胞空间和临床的结合部在宏基因组和VDJ,那么破局之路一方面需要新产品的出现,另一个方面就是走向临床。
单细胞微生物测序早已不是什么秘密,很多公司在做,不过目前没有听说哪个公司提供了成熟的产品推向市场,空间宏基因组早已有了高分文章发表,GATK的人类宿主的微生物检测流程PathSeq和在空转上的运用,技术路线也是相当成熟,不过目前也没有听说哪个公司提供此类服务,还有空间VDJ测序分析,出现的时间也有2年多了,也没有哪个公司研发出成熟的产品,这些方向是好是坏我们暂且不做评论,但是空间转录组的竞争,几乎要正式出现在我们的视野了。
相比于单细胞,空间转录组的利润相当可观,以10X为例,Visium和Xenium的利润均超过了200%,2024年的JP Morgan大会上,10x Genomics宣布推出新的Visium HD系统,该系统将现有Visium平台的分辨率从55微米spots提高到2x2微米squares,从而实现单细胞水平的分析。利润值预估也在200%以上,就目前而言,10X空间在国内并没有很强的竞争对手,如果不出现国产的高质量竞争者,这个利润率还会维持下去。
国外的空间产品公司还有NanoString、Akoya、Spatial Genomics等,不过目前很多还没有进入大众的视野,但是也从一方面反映出行业的暗潮涌动,反观国内,空间的公司包括华大时空、德运康瑞、寻因生物、百迈客、贝普奥等公司,我个人认为其中能够在头部一较高下的公司包括华大和寻因,空间代谢中科新生命势头不错。看好的原因也很简单,华大是先行者,也是国内这方面实力最强的公司,最早就提出了高精度的空间组学,国家层面也支持,很多自然基金课题要求用国产平台,那么首选就是华大;寻因是创新者,前面无论10X还是华大的高精度平台,抑或是标榜单细胞水平的Xenium,其实都无法真正做到空间单细胞水准,但是寻因的技术最大程度上了实现了这一点,结合10X的单细胞核转录组技术,捕获率今年预计达到80%,基本上实现了空间单细胞测序分析;中科新生命在空间层面应该是后起之秀,空间代谢也是一个很好的方向。
但是大家也要明白,一个产品的成功背后站了一个团队,国内的公司需要从研发到分析的一套龙打通,其中包含了产品研发人员、实验人员、生信分析人员、平台研发人员以及销售,技术支持等等等等,更为关键的,需要一位高瞻远瞩的领导,懂得利用产品优势,懂的市场规律,更要懂得客户痛点,也要有居安思危的意识,在市场上能够建立良好的口碑以及产品的不断优化升级,任何一个新品的出现类似于一个婴儿,能否健康的长大还有很多的挑战需要克服。
目前空间大有可为,虽然价格较贵,但是国内的市场还是很大,而且作为科研和临床均需要研究的组学,未来的前景如何,各个公司如此白热化的竞争已经告诉了我们答案。
回到临床,空间在临床的运用早已成型,不过还没有落地,目前临床上的肿瘤治疗还是靶向药物和免疫药物两大分支,其中免疫药物是未来的方向,空转的实际运用也在于此。
目前上市的靶向药物有几十种,免疫药物也有几种,期间还有大量的新药在进行临床试验,预计会很快转化。
每年FDA/NCCN/NMPA都会发布靶向药物的指南,大家需要整理出来,以供临床用药服务,以肺癌其中的一个为例,如下如

靶向药物我们需要整理的包括Gene、变异类型、 突变信息、 癌症类型、 批准癌症类型、药物、临床几期、来源、证据等内容,为生信解读人员提供最全的指导信息。
而空间在免疫疗法的运用,将是今后研究的重点。
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CCA(canonical correlation analysis)是一种常用的多变量统计分析方法,可以用于整合分析单细胞转录空间转录的数据。 单细胞转录是指对单个细胞的转录进行测量和分析,可以了解细胞间的异质性和功能特征。而空间转录是指在织或器官水平上,对转录进行测量和分析,可以了解细胞在空间上的分布和相互作用。 在整合分析单细胞转录空间转录时,首先需要对两种数据进行预处理,例如数据清洗、标准化和归一化等。然后,可以利用CCA方法来识别两种数据之间共享的信息和变化模式。 CCA通过最大化两个数据集之间的相关性,找到两者之间最大化的公共变量。具体步骤包括:首先,计算两个数据集之间的相关性矩阵;然后,利用Singular Value Decomposition(奇异值分解)将相关性矩阵分解成特征向量和特征值;最后,根据特征值的大小选择最相关的特征向量,得到两个数据集之间的相关性。 通过整合分析单细胞转录空间转录的数据,可以获得以下优势:一是可以揭示细胞类型和织结构之间的关系,帮助我们了解细胞的空间分布模式;二是可以发现特定细胞类型在不同织中的表达模式和功能特征;三是可以识别具有生物学意义的共同变化模式,为进一步研究和解读提供线索。 当然,整合分析单细胞转录空间转录的数据还需要结合其他的统计方法和生物学解释来进行综合分析和解读。这样的整合方法可以为我们更好地理解细胞和织的功能和相互作用提供重要的信息。

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