作者，Evil Genius
忙了一天，现在得空给大家分享一些Xenium、CosMx分析的整理。
首先第一步，Xenium基础分析,一般就采用squidpy即可。
标准化的高精度空间（HD、Stereo-seq、Xenium等）平台基础分析
Xenium课程分析前奏
参考文章高精度空间转录组平台分析框架（python版本)
高精度空间转录组分析之squidpy和空间网络图
10X空间转录组Visium && HD && Xenium分析全更新
当然也少不了整合分析
关于10X HD和Xenium数据整合分析以及HD解卷积RCTD的运用
空转分析框架---空间数据分析的标准方法
脚本更新---Xenium整合分析以及邻域细胞比例空间图
第二步，大学需要学习图像细胞分割
基于image-based的空间转录组的细胞分割技术
ISS空间转录组的细胞分割算法汇总(stardist、cellpose、QuPath、SCS)
Xenium In Situ数据的质量评估及优化方案（试用版）
课前准备---HD数据结合图像识别获取真实的空间单细胞级数据
知识积累---空间数据结合图像分割实现单细胞级解卷积分析
第三步，注释完的空间数据网络图谱
空间转录组网络图的分步绘制(Xenium)
课前准备----细胞“communities”
第四步、niche分析
参考文章空间转录组多样本niche的比较分析（Visium & Xenium & HD）
空间转录组cell niche（流程试用版）
最后一课准备----Xenium生态位与微环境分析
个性化分析（原位）---空间转录组微环境（邻域）细胞聚类 + 突变信息
流程升级---通过生态位差异分析确定细胞状态转变的外在驱动因素
方法更新---identify differentially-enriched cellular niches（MIBI-TOF,CODEX, IMC,Xenium）
脚本更新---高精度平台的细胞niche分析
第五步，细胞类型的空间位置关系
流程升级---量化分析细胞类型的空间关系（高精度平台）
方法分享----高精度空间组学数据中识别和表征细胞生态位
第六步，细胞邻域，包括邻域差异分析
细胞邻域分析
流程升级---解剖细胞邻域（CN）组织的iTME（高精度空间平台、Stereo-seq、HD）
流程升级----高精度空间平台的细胞邻域分析（固定范围）
流程升级---空间邻域聚类分析与分层分析（高精度平台，Stereo-seq、HD、Xenium、CosMx）
脚本更新----空间邻域差异分析（高精度平台，Xenium、CosMx、CODEX、图像分割Stereo-seq、HD）
脚本更新----细胞的空间临近性分析
脚本更新---空间转录组分析三种（多种）细胞类型的空间位置变化
脚本更新----Xenium、CODEX、CosMx范围邻域矩阵的获得与亚群分析
内容复习---空间邻域差异分析（高精度平台和低精度平台）
第七步，时空通讯
高精度空间平台（Stereo-seq、Xenium、HD）的时空通讯动态
流程更新----空间细胞聚类及配受体共现分析（针对visium、bin模式的Stereo-seq、以及HD）
脚本更新---高精度平台banksy聚类、细胞邻域、临界通讯
流程升级---单细胞 + 空间数据推断空间尺度的配(受体)靶基因活性
第八步，空间轨迹
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