文献分享---空间单细胞蛋白质组学景观解码肝内胆管癌肿瘤微环境生态（CODEX）

作者，Evil Genius

今日分享文献，看看CN重要的生物学意义。

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关键的地方，CN, cellular neighborhood; CODEX。

知识积累

肝内胆管细胞癌（iCCA）患者的预后和治疗反应依赖于肿瘤微环境（TME）组分之间的空间相互作用。

肝内胆管细胞癌（iCCA）是第二常见的原发性肝癌，具有高度侵袭性和异质性，使治疗选择复杂化。

结果1、IMC depicts the single-cell spatial topology of iCCA

结果2、空间分析揭示了与iCCA预后相关的原位模式

为了揭示iCCA内的多细胞结构，进行了区域CN分析。CN被定义为距离中心细胞最近的20个细胞，代表局部细胞聚集模式。

为了探索TME中细胞群体之间的潜在相互作用，确定了细胞表型之间的区域Pearson相关性和成对细胞-细胞相互作用（PCI）。

CD163hiM2样RTMs和抗肿瘤CD8+ T细胞之间的空间关系是至关重要的，更接近与不良预后风险增加相关。

结果3、ScRNA-seq表明CD163hi M2样RTMs对抗肿瘤CD8+ T细胞的作用

在scRNA-seq队列中进行了T细胞的亚群分析，揭示了细胞毒性CD8T细胞。使用NicheNet进行的细胞间相互作用分析表明，来自M2样RTMs的配体可能影响细胞毒性CD8T细胞的下游靶基因，从而可能损害其抗肿瘤免疫。总之，这些分析强调了M2样RTMs在iCCA中的预后影响，揭示了它们独特的通路活性和对细胞毒性CD8*T细胞的影响。

结果4、CD163hiM2样RTMs和抗肿瘤CD8+T细胞在预后不良的iCCA患者中呈共定位

CD163hiM2样RTMs和抗肿瘤CD8 + T细胞之间的共定位和相互作用与iCCA患者的较差预后相关。

结果5、iCCA患者的空间亚型与不同的TME特征和预后相关

结果6、配对空间蛋白质组学分析揭示了各空间TME亚型的分子特征

当基于OS或LN状态对患者进行分组时，结果强调了TME组分，特别是巨噬细胞（例如，CD163hiM2样RTMs）和粒细胞参与影响iCCA患者的预后。

结果7、深度学习模型利用空间特征进行预后预测

深度神经网络。

空间TME特征在预测iCCA预后中具有关键作用，强调了人工智能在利用空间数据塑造未来临床实践中的潜力。

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