利用brainstorm进行MEG数据源重建/源估计/源定位/溯源

首先，源重建/源估计/源定位/溯源这四个东西竟然是一个意思，可能是因为翻译的版本不同，所以到了中文这里有了四个名称，但其实就是一个操作
因为网上大部分的教程都是EEG数据，基本没有MEG数据的，所以我分享下我的MEG数据操作流程（其实大部分跟EEG操作一样，只是稍微更改了一些部分）
本文包含内容：下载合适版本的brainstorm的经验 + 自己创建头模型步骤（偶极子外露的解决方案）+ MEG的MRI配准 + 源重建后所得数据导出

一、创建protocol+subject

1.点击file，点击 New protocol

2.重命名（这里注意，可能是下载的版本的问题，我下载的这版brainstorm只有在一开始新建立的时候才能更改protocol name，后期是更改不了的，大家引以为戒，名字要一开始就命名好，争取后期不改名）

3.这里的Default anatomy我选择了“No，use individual anatomy”，因为我没有使用默认的头模型，我打算自己创建头模型。
大家如果没有t1或者t2的数据，没办法自行创建头模型的话，就选择使用默认头模型“Yes，use protocol‘s default anatomy”

4.关于Default channel file的选择，我选择了默认选项“No，use one channel file per acquisition run(MEG/EEG)”，
原因有两个，一个是brainstorm官方推荐采用这个（官方推荐我就用），还有个原因：我的MEG数据的通道超级多，有248个，每次trial中总会难免有几个截然不同的bad channels，比如可能第一次trial的34通道坏了，第二次trail的125通道坏了，每次所需通道文件是不一样的，所以每次run要更换不同的channel file

5.选择好后点击Save

6.点击你已经建立好的protocol，选择New subject
我这里的protocol的名字是177746-192641

7.Default anatomy和Default channel file的选择需要跟刚才保持一致，选择好后点击Save

二、创建头模型

这里创建individual head model是我参考该作者的文章，从头到尾按着步骤做能顺利做下来，所以在此我就不展开讲如何创建头模型了
创建 individual 头模型
这里有个小小的经历，按着这位作者的流程需要下载插件CAT12，但是我当时怎么也下载不下来，整个人墨迹了一整天，最后终于解决了
解决方案如下：
1.brainstorm的官方下载有三个版本，需要选择source+binary这个版本
（source+binary这个版本必须在有MATLAB的情况下才能使用，binary则不需要）
下载source+binary

2.下载CAT12之前必须先下载spm12插件
点击Plugins，选择spm12，点击Install（我这里因为已经下载完了，所以install这里是灰色的）

3.下载cat12
点击Plugins > Anatomy > cat12 > Install

下载source+binary版本的重要性：如果不是这个版本，plugins这块根本就没有下载的选项！！！

三、源重建/源估计/源定位/溯源

1.导入数据

引入数据的时候不要忘记选择数据对应的格式，比如我这里是mat

成功导入后就会出现以下界面，因为我导入了三个，所以有三个文件夹图标
每一个文件夹图标打开都可以显示出两个文件，一个是通道文件，另外一个是存储数据的文件

这里也是MEG跟EEG操作起来的一个区别点，EEG在这里可以操作，选择合适的通道数目，但是在MEG的操作中是自动识别的，无需操作

比如看，上图是EEG数据选择合适的通道的操作方法，图片来源：https://blog.csdn.net/a1220sd/article/details/134377480，但是在MEG中，这步不用操作，软件自动识别完成

2.MRI配准

按下图操作

后会打开一个显示通道的页面

最上面一行的菜单，可以停留在图标上，会出现英文解释，自己看英文释义。根据上下左右前后移动外面的那个大黄罩子（大黄罩子相当于所有的通道点连接起来的曲面）
更改之后，不要忘记电极最上面那行图标中的OK，还可以查看电极位置，操作如下

这里是MEG和EEG另一个区别，这个区别也是我花了很长时间才搞清楚的。。。
因为EEG的电极都是贴合头皮的，所以正常EEG最后的电极显示图应该是类似于这样的，

图片来源：https://zhuanlan.zhihu.com/p/373835966

但是MEG不一样，它的通道就是要悬浮着的，后来我去查了MEG的采集操作图片，确实，通道是不贴脑袋的
假如我这里理解的有误的话，请大家积极指正，以免误人子弟，目前为止我还是这样认为的

3.计算head model

步骤如图：

这里需要选中scalp和skull，再点击OK即可进行计算

在这个过程中，可能出现偶极子外露的问题。
偶极子外露问题可以简单地理解成，我们用成千上万的偶极子排列成人脑，正常情况下这个人脑中的任何一个偶极子都不应该在脑壳之外，如果出现这种情况就被叫做偶极子外露。

brainstorm提供的解决方案有两种，可见官网：https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/TutBem

第一种：增大计算BEM的vertices的数量，可以参考这位佬写的文章，https://blog.csdn.net/qq_51727214/article/details/134505781

第二种：选择Force inside skull

我选择的vertices的数目是2562，所以这个页面绿色的是2562对应的文件，需要选中绿色的central_15002V 右击选中force inside skll（这里的15002的原因是我用cat12计算head model的时候选了默认的偶极子数目15002）

之后会跳出两个更改前后的脑图对比

Force inside skull 成功之后会出现一个绿色的文件“central_15002V_fix”

4.计算noise矩阵

这个矩阵没实际啥用，但是compute source必须用到，所以得用

我这里用的是No noise modeling（意思就是对角矩阵）

5.compute source

选中文件夹右键，选择comput source

我这里采用Minimum norm imaging方法，sLORETA，选择了归一化，即constrained：Normal to cortex

四、数据文件导出

首先选中上一步生成的大脑图标这个文件，拖动到下部运行区，点击该图左下角的run

点击齿轮图标，选择extract，按照下图选择。

选择你需要导出的内容
在右侧可以选择你想要的脑图谱，我这里选择的是Desikan-Killiany脑图谱，68脑区的
你可以全选所有的脑区（被选中的脑区会变蓝），也可以单独选择某一个脑区
mean，power…这一行是你要导出的数据，可以计算平均值，功率…

还剩最后一步，文件导出，等我再过几天再来更新