![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756919.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
seurat
自认是大佬眼中level1的菜鸟
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
Seurat PBMC教程理解分享
1.读取数据library(dplyr)library(Seurat)library(patchwork)# Load the PBMC datasetpbmc.data <- Read10X(data.dir ="../data/pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")# Initialize the Seurat object with the raw (non-normalized data).pbmc <- CreateSeuratO原创 2021-05-23 08:41:57 · 3845 阅读 · 1 评论 -
Seurat常用数据处理命令
获取seuratobj的表达矩阵:counts_matrix = GetAssayData(seurat_obj, slot="counts")counts_matrix = seurat_obj@assays$RNA@counts[,colnames(seurat_obj)]获取seuratobj的metadata:meta <- myeloid.combined@meta.data获取seuratobj的子集:c0 <- subset(myeloid.combined,ide翻译 2021-04-14 13:31:49 · 5280 阅读 · 0 评论