飞鱼：生信分析更简单

        会编程对于生命科学研究者来说确实是一项加分技能，能帮助他们完成许多关键的研究任务。然而，对于生命科学领域的研究者和学生来说，学习编程需要耗费极大的时间和精力，那么有没有一款可以不用费力学习枯燥的代码，也能极高的提高科研效率，更加适合生物科研工作者的软件呢？今天就介绍一款极易上手的自动化数据分析软件——FlyFish（飞鱼）

        FlyFlish在生物信息学上的用途非常广泛。今天主要介绍几个常用的场景，相信每一位研究生物学的同学都用过NCBI，NCBI网站上提供了一系列生物信息学工具，包括BLAST、Entrez检索系统、RefSeq基因库、GenBank和PubMed等数据库，这些工具和数据库对于生命科学和医学研究都非常重要。大家用得也很频繁，但是对于大批量的数据往往耗时耗力。

案例1：NCBI批量查找氨基酸注释信息

        很多生物研究者在收到转录子公司的数据时，需要自己动手到NCBI上查找氨基酸序列和注释等信息，非常耗时和浪费精力。

图片来源：转录子数据

图片来源：NCBI官网

        而现在，通过FlyFlish，科研工作者只需要动手点击下鼠标，FlyFlish就能够自动登录NCBI官网，只需要花费几分钟即可完成上百条数据。

NCBI序列匹配

案例2：NCBI自动采集CDS序列

        在分析基因组数据时，我们有时候只需要基因组中某个部位的信息，比如涉及编码蛋白功能就只需要CDS序列，研究miRNA与mRNA互作时，只需要3‘UTR序列。

如何快速的得到基因组中的目标序列呢？

1.首先准备一份excel表格，A列为目的基因的ID号，B列是CDS序列，C列是全基因序列

2.打开FlyFlish程序，修改Excel文件位置

程序运行视频

NCBI自动采集CDS序列

运行结果

案例3：NCBI批量ID转换

        在许多情况下，我们经常需要进行数据库之间编号的置换。举例来说，假设我们使用NCBI官网上的基因数据库研究。在该数据库中，基因通常使用LOC号进行唯一标识，但在我们的工作流程中，我们更希望使用基因的ID号进行处理和分析。

        传统的处理方法可能需要手动查询每个基因的LOC号，并将其转换为对应的ID号，然后使用ID号进行后续操作。然而，这个过程通常耗时且容易出错，特别是当我们需要处理大量基因时。借助FlyFlish，我们可以编写一个自动化的机器人流程来快速高效地处理这个任务。

1.将待转换物种的NCBI基因号统一放在Excel

2.FlyFlish自动打开网页：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez，如图，自动点击“选择文件”。

3.FlyFlish将准备好的Excel文件转换为txt文件, 将txt文件上传，并下载转换好的文件。

4.FlyFlish将转换后的ID,根据LOC号对应填入Excel

NCBI-ID批量转换