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RSS订阅原创 基础生信分析——富集分析（2）
接基础生信分析——富集分析（1）以上是四种高级GO富集分析图，请注意，无论多复杂的可视化，其结果都是一样的，并且目的都是清晰的展示功能注释结果。
2024-04-06 01:12:44
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原创 基础生信分析——富集分析（1）
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）和GO（Gene Ontology）是两种常用的基因功能和通路富集分析方法，可以帮助研究人员理解基因集合中的功能和通路特征。以下是对KEGG/GO富集分析的简要介绍：KEGG富集分析：KEGG富集分析基于KEGG数据库，对基因集合中的基因进行功能注释和通路富集分析。通过将基因集合与KEGG数据库中的通路注释进行比较，可以确定哪些通路在给定基因集合中过度表示。
2024-04-06 01:11:47
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原创 基础生信分析——easyTCGA包
TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库是一个大型的癌症基因组学项目，旨在通过对多种癌症类型的分子特征进行全面的分析，深入理解癌症的发生机制和发展过程。以下是关于TCGA数据库的一些重要信息：数据来源：TCGA项目整合了来自世界各地的研究机构和实验室的癌症样本数据，涵盖了多种类型的癌症，如乳腺癌、肺癌、大肠癌等。数据类型：TCGA数据库包含了大量的分子生物学数据，包括基因组序列、基因表达、CNV（拷贝数变异）、蛋白质表达、甲基化等数据。
2024-04-05 21:00:18
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原创 基础生信分析——deseq2包
测序数据的表达矩阵通常包含了基因组数据分析的关键信息。一般来说，表达矩阵中的数据包括：基因表达水平： 表达矩阵中的每一行代表一个基因，每一列代表一个样本。矩阵中的每个元素通常表示相应基因在相应样本中的表达水平，可以是原始计数值或标准化后的表达值（如FPKM、TPM等）。样本信息： 表达矩阵中通常还包含了关于每个样本的信息，比如样本ID、类型（如对照组、实验组）、处理条件等。这些信息有助于进一步的数据分析和解释。注释信息： 表达矩阵可能还包含了基因的注释信息，比如基因的ID、基因名、功能等。
2024-04-05 20:42:44
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空空如也
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