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原创 Alphafold2 docker部署过程中的问题

遇到的一些问题,在此记录。

2024-05-07 16:10:47 166 3

原创 (完整代码)R语言中利用SVM-RFE机器学习算法筛选关键因子

自用机器学习筛选基因代码, 花费一个多月写下来的。

2023-03-20 09:42:27 12466 110

原创 win10下使用Autodock Vina 1.2.X版本

Autodock Vina 在2021年更新1.2.X版本,目前Windows平台最新版本为1.2.3。

2022-05-20 15:16:36 2102 1

原创 win10下无需额外安装软件读取Autodock Vina结果并生成excel可读文件

无额外软件批量读取对接结果。

2022-01-08 21:02:56 3934 18

原创 Autodock Vina多对多分子对接并筛选结果绘制热图

本文实现了多个配体与多个受体之间的对接批处理程序。一般这种结果会比较多,那么我们用python查看结果,并绘制热图,好看一点。

2021-11-28 22:05:07 15432 181

原创 利用python查看并筛选AutoDock Vina的结果中结合能小于-0.7的化合物

批处理无法进行排序和筛选的操作,本文使用python将分子对接结果进行筛选和匹配。

2021-11-20 15:38:01 4666 3

原创 win10平台利用Open Babel批量转换小分子为pdbqt文件

如题,没啥再需要摘要的了。

2021-11-07 17:22:21 13037 43

原创 win10中使用AutoDock Vina进行批量对接的批处理程序

无需安装额外软件,在文件夹中即可实现批量分子对接。

2021-10-28 19:06:35 19914 101

原创 多组数据统计分析及绘图R语言实现

一个小段自用的统计方法,在我写论文中得的到了不少的帮助。分享给大家。统计使用的是r基础stat包,绘图使用的ggplot2包。都是很常见的,网上教程也很多。library 'ggplot2'library 'si'

2021-09-04 18:44:26 6343 4

利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图

大家注意一下,我的热图代码里面用的是txt文件中倒数第10行的数据,如果你的txt对接结果中有这句话"Writing output ... done."。需要用记事本把py文件打开,把这句 for i in f.readlines()【-10】,改成for i in f.readlines()【-9】。 才是正确的最上面的对接结合能。 另外我做了筛选,把-7.0以上的筛选掉了,如不需要筛选,把下面这句去掉。 df = df.loc[df【'affinity'】 < -7.0]

2022-01-16

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