Alphafold2 docker部署过程中的问题

Alphafold2的配置要求

• Linux系统（Windows中的wsl可用）
• 3T以上硬盘空间（SSD速度更快）
• NVIDIA显卡（显存越大可处理的蛋白序列越长）

下载流程

按照Deepmind在Github官方公开的链接即可，官方为docker版本，按照步骤依次完成即可。（链接点我）

遇到的错误及解决办法

下载较慢

官方给出的下载脚本确实是及其慢的。可以打开\scripts文件下的sh脚本文件，里面有下载链接，使用迅雷下载后解压即可。SSD硬盘解压会快一些，我用的普通机械硬盘解压确实非常慢。其中的uniref30.sh需要通过一个命令把两个文件合并在一起，按照文件中的代码执行即可。

docker镜像创建不成功

本人在docker创建镜像这步失败了无数次之后发现，可能是跟网络有关系，梯子也无法改善。后来在北京时间的早上或者上午进行的这一步，一次成功。

GPU显存不够问题

运行时的报错如下

I0507 10:34:26.888418 140715855425536 run_docker.py:258] 2024-05-07 02:34:26.888174: E external/xla/xla/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:1639] failed to alloc 17059072 bytes on host: CUDA_ERROR_OUT_OF_MEMORY: out of memory
I0507 10:34:26.896312 140715855425536 run_docker.py:258] 2024-05-07 02:34:26.896068: E external/xla/xla/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:1639] failed to alloc 15353344 bytes on host: CUDA_ERROR_OUT_OF_MEMORY: out of memory
I0507 10:34:26.903648 140715855425536 run_docker.py:258] 2024-05-07 02:34:26.903407: E external/xla/xla/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:1639] failed to alloc 13818112 bytes on host: CUDA_ERROR_OUT_OF_MEMORY: out of memory
I0507 10:34:26.912209 140715855425536 run_docker.py:258] 2024-05-07 02:34:26.912021: E external/xla/xla/stream_executor/cuda/cuda_driver.cc:1639] failed to alloc 67108864 bytes on host: CUDA_ERROR_OUT_OF_MEMORY: out of memory

我也尝试了无数次，最终还是在github上找到了解决方案。
打开docker\run_docker.py文件，将里面的'TF_FORCE_UNIFIED_MEMORY': '1','XLA_PYTHON_CLIENT_MEM_FRACTION': '4.0',这两行注释掉就可以正常运行了。

提升速度的一点尝试

本地运行起来太慢了，所以尝试将\alphafold\data\tools文件下的hhblits.py、hmmsearch.py、jackhmmer.py中的cpu调到了本机的最大。（但好像没什么用）
使用reduced databases版的数据库，运行时间会缩短很多。
另外，如果序列过长，需要把hhblits.py中的maxseq调到1_000_000。不然会报错。

一点记录，希望能帮到大家，令如有需要建模的可联系我，限时免费哦。