利用python快速转换GenBank和RefSeq的染色体号

这篇博客介绍了如何使用Python脚本Chr_Convert.py解决NCBI中GenBank和RefSeq染色体号转换问题。脚本需要ID_list(转换信息列表)和bed文件作为输入,通过argparse处理外部参数,支持多个文件转换。文章提供了脚本的使用方法和测试效果。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

 1.解决问题:在NCBI中参考基因组的GenBank和RefSeq sequence拥有不同的染色体号(如下图),某些情况下需要进行染色体号的相互转化。故自己写一个python脚本,进行简易的转化。

<
Molecule name GenBank sequence RefSeq sequence Unlocalized
sequences count
Chromosome 1 CM000812.5 = NC_010443.5 0
Chromosome 2 CM000813.5 = NC_010444.4 0
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