nature|成人大脑神经元接线图

摘要
神经元之间的连接可以通过获取和分析电子显微镜脑图像来绘制。近年来，这种方法已被应用于大脑块，以重建具有高度信息含量的局部连接图1,2,3,4,5,6，但仍不足以更全面地理解大脑功能。在这里，我们展示了从成年雌性果蝇黑腹果蝇重建的139255个神经元之间包含5×107个化学突触的整个大脑的神经元接线图8,9。该资源还包括细胞类别和类型、神经、半谱系的注释以及神经递质特性的预测10,11,12。数据产品可供下载、程序化访问和交互式浏览，并已与其他飞行数据资源实现互操作。我们从连接组中推导出一个投影组——区域之间的投影图——并报告了突触通路的追踪以及从输入（感觉和上升神经元）到输出（运动、内分泌和下降神经元）的信息流分析，这些信息流跨越两个半球以及中枢大脑和视叶之间。从光感受器的一个子集到下行运动通路的追踪说明了结构如何揭示感觉运动行为背后的假定电路机制。这里报告的技术和开放生态系统为未来在其他物种中进行大规模连接组项目奠定了基础。

Main
尽管在更古老的动物中存在基本的神经系统，但大脑大约在5亿年前进化13，对于产生复杂的行为至关重要。人们普遍认为，将大脑划分为不同区域有助于理解大脑功能，但关于连接的细粒度信息的效用仍存在疑问。事实上，在神经元和突触层面构建接线图的努力一直存在争议14,15。怀疑主义盛行的主要原因是缺乏能够重建此类接线图的技术16,17，因此获得此类图仍然是假设。由于一小群研究人员的努力，这种情况在21世纪初开始发生变化。在这里，我们展示了一个完整成人大脑的神经元接线图，在这里和伴随的研究中，我们分析了它的连接，以强调这项工作的实用性。
黑腹果蝇的大脑虽然很小，但包含105个神经元和108个突触，使苍蝇能够看、闻、听、走和飞。苍蝇参与动态的社交互动18，跨越距离19并形成长期记忆20。苍蝇大脑的一部分已经从电子显微镜图像中重建出来，这些图像具有足够的分辨率来揭示神经元的精细分支和连接它们的突触。由此产生的神经回路接线图为大脑如何产生社交行为、记忆相关行为或导航行为提供了至关重要的见解。其他果蝇大脑区域的接线图已经绘制完成，并与视觉2、听觉25和嗅觉23,26功能相关。这些接线图所揭示的电路组织显示出与哺乳动物大脑的相似之处27,28。
这些接线图和许多其他来自乳房的接线图4,5,6都来自大脑的碎片。然而，对果蝇神经活动的记录揭示了几乎全脑范围内对感觉29和运动30变量的编码。这些研究和其他脊椎动物研究强调，要了解大脑如何处理感官信息或驱动行为，就需要了解整个大脑范围内的全局信息流。
到目前为止，最接近整个大脑接线图的先例是重建苍蝇的“半脑”1，这是一种开创性的资源，对果蝇研究人员来说已经变得不可或缺。据估计，它包含大约20000个“未切割”的神经元，即被成像体积的边界最小程度地截断的神经元，以及它们之间的1400万个突触。我们重建的整个成人大脑包含139255个神经元（图1a和补充视频1），这些神经元之间有5450万个突触。为了帮助探索和分析，FlyWire联盟对这个连接组进行了密集的注释。在我们的配套论文中，Schlegel等人12提供了一个精心策划的全脑注释层次结构，包括8400多种不同的细胞类型，完成了对这一资源的描述我们整个大脑重建的接线图足够完整，可以指定为“连接组”（在讨论中定义）。它代表了秀丽隐杆线虫31,32（300个神经元，104个突触）和果蝇1龄幼虫33（3000个神经元，5×105个突触）神经元重建的实质性进展。我们的连接体以多种方式超越半脑。例如，它包括中央大脑的食管下区（SEZ），这对味觉和机械感觉等多种功能很重要34,35，并且包含许多从大脑下降到腹侧神经索以驱动运动行为的神经元过程。此外，它还包括许多两性异形神经元的下行和上行神经元的注释36（由Deutsch等人分析（手稿正在准备中）；可在https://codex.flywire.ai)以及整个视瓣11。我们对两个视叶的重建远远超出了现有的柱状视觉回路图。参考文献探讨了视叶和中枢大脑之间的联系。37,38. 还包括通过神经和颈部结缔组织延伸到大脑的神经元，这些神经元对于追踪感觉运动通路至关重要，如这里和附带的研究11,12,34,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45所示。
我们的重建利用了与半脑不同的图像采集和分析技术（方法和讨论）。然而，我们以一种重要的方式直接建立在半脑上。Schlegel等人12使用为半脑提出的细胞类型作为FlyWire中枢脑神经元细胞分型的起点。这种方法是由一个不断增长的软件工具生态系统实现的，该生态系统服务于不同飞行数据源之间的互操作性（图1c）。FlyWire联盟的果蝇研究小组以及公民科学家对经济特区和视叶的其他注释做出了贡献，这些注释在中脑中基本上是不存在的，在这里和随附的论文中有更详细的描述。社区也提供了突触预测7和神经递质鉴定10的估计。
匹配后，Schlegel等人12还将我们的接线图与它们重叠的半脑进行了比较，结果表明细胞类型计数和强连接在很大程度上是一致的。这意味着个体之间的自然变异和由于不完美重建而产生的“噪音”的综合影响往往是适度的，因此我们的单个大脑接线图应该对研究任何野生型黑腹果蝇个体都有用。然而，已知雄性和雌性果蝇的大脑存在差异46。此外，蘑菇体的主要神经元（嗅觉学习和记忆所需的大脑结构）显示出高度的可变性12。一些蘑菇体连接模式甚至被发现接近随机47，尽管此后发现了与随机性的偏差48。简而言之，果蝇接线图因其立体性而有用，但也为连接组变异的研究打开了大门。
除了描述FlyWire的大脑资源外，本文还提供了分析，说明了如何使用数据产品。Lin等人49和Pospisil等人39提供了额外的全脑网络分析。从连接组中，我们得出了一个投影组，这是78个被称为神经髓质的蝇脑区域之间投影的简化图（图1d，扩展数据图1和补充视频2）。我们追踪突触通路，分析从大脑输入到输出的信息流，跨越两个半球，以及中央大脑和视叶之间的信息流。特别是，从眼窝中的光感受器到下行运动神经元的通路中的兴奋和抑制的组织立即表明了关于行为回路机制的假设。
整个苍蝇大脑的重建
郑等人之前通过连续切片透射电子显微镜获得了整个成年雌性果蝇大脑的图像（图1e、f），并将其发布到公共领域。我们之前重新排列了电子显微镜图像，自动分割了图像中的所有神经元，创建了一个允许对分割进行交互式校对的计算系统50，并组建了一个在线社区8（FlyWire）。在初始阶段，大部分校对工作是由FlyWire联盟中的果蝇研究小组组成的分布式社区完成的，并专注于这些小组感兴趣的神经元。在后期阶段，剩下的神经元主要由普林斯顿大学和剑桥大学的集中团队进行校对，并得到了世界各地公民科学家的贡献。方法中描述了校对员的招聘和培训及其工作流程。
化学突触在图像中被自动检测为成对的突触前-突触后位置7。整个大脑包含0.0175mm3的神经纤维体积和约1.3亿个突触。这相当于每µm3 7.4个突触，密度远高于哺乳动物皮层51,52（每µm3不到1个突触）。中枢脑和左右视叶（包括椎板）分别含有0.0103、0.0036和0.0036 mm3的神经毡体积，突触计数的比例大致相同。使用连接组注释版本引擎50（CAVE）将突触与校对的神经元结合，以产生连接组。
接下来，我们评估了校对的完整性和准确性。我们已经证明，通过与已知在个体果蝇中高度定型的神经元的光镜重建进行比较，FlyWire校对可以产生准确的结果8。第二种方法是对重建的神经元进行额外的一轮校对，这之前被证明几乎不会产生变化8。由于校对工作流程和人员随着时间的推移而变化，准确性可能因大脑区域而异，我们通过对来自中央大脑的826个神经元进行进一步的校对来重复这一评估。相对于这一轮，我们的校对数据集按体积计算的平均F1得分为99.2%（扩展数据图2a，b）。
通过量化有多少自动检测到的突触附着在校对片段上，而不是孤立在微小的“孤儿”片段中，我们可以估计校对的完整性。我们发现突触前附着率很高（约1.22亿个突触前（93.7%）附着），而由于包含大部分突触后的树枝的校对和重新附着较少，突触后附着率较低（约5810万个突触后（44.7%）附着。8（扩展数据图2c、d）。附着率通常在FlyWire的两个半球之间以及与半脑之间是一致的（扩展数据图2e-g），并且因神经末梢而异（补充图2）。与半脑1一样，假阴性突触是主要的错误类型，但也存在假阳性。因此，使用连接组的分析应考虑阈值处理以消除虚假连接。阈值应根据个人分析进行调整。对于下文所述的分析（以及https://codex.flywire.ai)，我们使用五个突触的阈值来确定两个神经元之间的连接。Matsliah等人11的随附论文发现，两个突触的阈值适用于分析视叶中的连接。假设这些误差在统计上是独立的，那么检测涉及多个突触的连接的准确性预计会很高1,12,53。
我们估计，FlyWire的大脑重建需要大约33人年的人工校对。重建工作仍在进行校对和注释，未来将发布该资源的新版本（此处提供的分析来自版本783）。这使得在发现剩余错误时能够进行纠正，并进行进一步的验证。
大脑固有神经元
大脑被定义为与动物头部感觉器官共定位的神经系统结构。定义中通常隐含着中心化的概念——大多数中枢神经系统（CNS）神经元位于大脑中。这个想法涉及到一个微妙之处，即神经元是空间延伸的物体。如果一个神经元的所有突触都完全包含在大脑中，我们就说这个神经元是大脑固有的。这与横跨大脑和其他中枢神经系统区域的神经元形成鲜明对比。内在神经元的比例可以解释为中枢神经系统在大脑中的集中程度。
在FlyWire（补充视频1）中的139255个校对神经元中，118501个是大脑固有的（图2a-c），大脑被定义为中央大脑和视叶（图1a）。大脑的固有神经元占成年果蝇神经系统的四分之三54,55,56，占大脑神经元的85%。它们的优势意味着大脑主要与自身交流，其次才与外界交流（图2b）。相比之下，幼虫果蝇大脑的内在神经元占其神经系统的四分之一到三分之一33。秀丽隐杆线虫大脑的固有神经元占其神经系统的8-15%（方法）。
传入和传出神经元
根据细胞体的位置，非内在的脑神经元可分为两类。对于传入（感觉和上升）神经元，细胞体位于大脑外部，而对于传出（下降、运动和内分泌）神经元，胞体包含在大脑中。将传入神经元视为大脑输入，将传出神经元视为脑输出通常是准确的。然而，与信息流的关系实际上更微妙，因为大多数飞突在树突和轴突上都携带突触前和突触后的混合物10,33,53。
我们的配套论文12详尽地确定了神经横截面中包含的所有传入和传出神经元，以及连接大脑和腹侧神经索（VNC）的颈部结缔组织（图2d）。这些神经元中近95%位于颈部结缔组织、触角神经和上颌-唇神经中。尽管在我们的重建中传入神经被截断，但Schlegel等人12和其他社区成员35,57能够根据形态学和神经分配确定与5375个非视觉感觉神经元相对应的感觉器官（图2e，f）。非视觉感觉神经元通过神经（图2d）进入大脑，这些神经大多终止于触角叶或SEZ（我们将SEZ定义为包含以下神经髓质：鞍（SAD）、颌神经节（GNG）、触角机械感觉和运动中心（AMMC）和前额叶（PRW）（中性粒细胞定义见扩展数据图1））58。触角叶是处理嗅觉信息的第一个中继中心，许多输入触角叶的嗅觉受体神经元（ORN）也在半脑中重建。经济特区接收更多样化的输入，包括机械感受器和味觉感受器神经元的投射——这些投射不包含在半脑中。神经包含很少的传出神经元，其中包括头部运动神经元（n=106）或内分泌神经元（n=80）（图2a-c）。许多传出神经元在经济特区都有分支，包括106个运动神经元中的大部分。
视觉传入是迄今为止数量最多的感觉输入类型，直接进入大脑，而不是通过神经。复眼（n=11118）、眼窝（n=273）和小眼（n=8，其中4个已被识别）有感光轴突突出。
穿过颈部结缔组织的神经元分为1303个传出（下降）神经元和2362个传入（上升）神经元（图2a-c）。许多神经元的细胞类型注释是可用的36，这有助于匹配VNC54,55,56,59的两个单独的电子显微镜数据集的重建，并使跨越整个中枢神经系统（大脑和VNC）的电路至少能够被示意性地绘制出来。
视叶和中枢脑
在118501个内在神经元中，32388个完全包含在中央大脑中，77536个完全包含于视叶和眼锥神经节中（这个数字不包括感光细胞，感光细胞是感觉传入神经元）。视觉区域对计数的支配反映了果蝇作为一种高度视觉动物的本质。
视叶和眼球神经节还包含8053个神经元，即视觉投射神经元12（VPN），它们投射到中枢大脑中。我们在图7中提供了对眼前神经节连接的更详细分析。许多VPN都是柱状类型，可以平铺视野。VPN靶向特定的神经髓质（例如，前视结节（AOTU）、后外侧原脑（PLP）和后腹外侧原脑）或中枢脑中的视肾小球60,61。VPN的影响可能非常大；892个中枢神经元一半以上的突触来自VPN。
半脑已经表征了几种VPN类型及其在中枢大脑中的输出1。我们的全脑重建揭示了VPN连接的许多其他方面，例如它们在髓质、小叶和小叶板中的输入62。除了前馈靶向中枢神经元外，VPN还将20%的突触转移到其他VPN上，21%转移到视叶神经元上。Ganguly等人38和Garner等人37进一步研究了中央复合体和蘑菇体的视觉投影。
有524个神经元从中央大脑投射到视叶。我们称这些为视觉离心神经元61（VCNs）。它们不同于之前定义的完全包含在视叶中的VCN类型，其功能大多未知。VCN的数量比VPN少15倍。然而，一半的视叶神经元从VCN接收五个或更多突触，这表明许多早期的视觉处理都包含了来自中枢大脑的反馈。在许多脊椎动物物种中，包括人类，都发现了视网膜的离心输入。
许多视神经管在视叶中呈树枝状分布，似乎覆盖了整个视野。然而，一些VCN只覆盖了视野一部分内的一部分列。少数视叶神经元从VCN接收多达50%的突触。这些属于参与昼夜节律的肽能神经元类别40。Tm5c是柱状型（果蝇对紫外线的偏好高于可见光64所必需的），其10%以上的输入来自VCN。