Nature 正刊丨rubisco生化景观图

01摘要

Rubisco是生物圈的主要二氧化碳固定酶1，但它的动力学很慢2。进化和化学机制在限制其生化功能方面的作用仍有争议3,4。尽管最近的结果表明rubisco的功能潜力比以前所知的范围更广，但旨在调整rubisco生化参数的工程努力在很大程度上失败了5。在这里，我们开发了一种大规模的平行检测方法，使用一种工程大肠杆菌7，其中酶活性与生长相结合，系统地绘制了rubisco的序列-功能图谱。99%以上的单一氨基酸突变体与CO2浓度的复合测定能够推断出数千个置换的酶速度和表观CO2亲和力参数。这种方法确定了许多高度保守的位置，这些位置可以耐受突变和罕见的突变，从而提高二氧化碳亲和力。这些数据表明，非平凡的生化变化很容易获得，并且可以跨越来自不同生物的rubisco之间的功能距离，为进一步的酶工程工作奠定了基础。

02图表简介

a、 rubisco依赖菌株Δrpi代谢概述。b、 Δrpi的增长速度与通过rubisco的通量成正比。c、 图书馆选择示意图。将rubisco单氨基酸突变体库转化到Δrpi中，然后在添加了甘油的最低培养基中在升高的CO2下进行选择。在选择前后对样本进行测序，并使用条形码计数来确定每个突变体的相对适合度。d、 两个示例生物复制品之间的对应关系；每个点代表给定突变体的所有条形码的中值适应度。e、 与之前研究中测量的速率常数（kcat）相比，77个突变体的适合度与之前研究的测量值进行了比较。异常值为I190T（详见讨论方法）。适应度误差值是九次重复富集测量的s.e.m；kcat误差来自文献（如有）。f、 变异适合度（灰色）在0和1的值之间进行了归一化，0表示已知活性位点位置的突变适合度的平均值（红色分布，平均值绘制为红色虚线），1表示野生型（WT）条形码的平均值。g、 变体拟合热图。根据所有rubisco的MSA确定了位置和序列标志的保护。黑三角，G186（具有高保守性的突变耐受性的位置的示例）；灰色三角形，活动站点位置。Ri5P，核糖5-磷酸；Ru5P，核酮糖-5-磷酸；RuBP，核酮糖-1,5-二磷酸；TIM，磷酸丙糖异构酶。

a、 红色红酵母rubisco同二聚体（蛋白质数据库（PDB）9RUB）的结构，由每个位点的置换的平均适应度值着色。星号表示活动地点。b、 同二聚体复合物不同部分氨基酸的变异效应。c、 活动现场和移动环路6区域的特写视图。雷达图显示了给定位置所有突变的适应度效应。d、 比较所有rubiscos中每个位置的平均适应度与系统发育保守性。位置215和257形成三级相互作用（扩展数据图8c），位置186高度保守，没有已知的功能。

a、 [CO2]滴定中rubisco选择的示意图以及具有不同KC和Vmax的突变体的推断Michaelis-Menten曲线的一些例子。b、 不同[CO2]下的变体适应性。c、 两个突变体在不同[CO2]下的测量拟合度（误差条，N=3个生物重复的平均值的标准差）。d、 在Michaelis-Menten方程的假设下绘制的与c中相同的数据（N=3个生物重复的平均值的误差条、标准差）。e、 分别测量来自c和d的相同两个突变体的rubisco动力学（点，N=3个测量值的中值；误差条，标准偏差）。f、 体外测量的rubisco KC值（分光光度法）与根据适应度值推断的值之间的比较
ρ是通过斯皮尔曼相关性计算得出的；P值反映了双侧排列检验分析的结果。
误差条、自举拟合的内四分位数（方法）；来自N=3次测量的体外KC误差条，标准差。g、 热图
变异系数小于1的所有突变体的值（N=5687个突变体，占总数的65%）。下面展开的插图中突出显示了两个具有高亲和力突变的位置。变体
变异系数大于1的拟合为灰色。h、 突变体二维直方图
以及
用六边形箱表示g的值。虚线、WT值。

与每个突变体的效应大小相比。效应大小是突变体之间的差异
WT KC除以变异系数
b.PDB结构9RUB；C2对称轴上的插图在下面展开。由于靠近C2轴，每个位置出现两次。c、 所示突变体的kcat与KC（通过14C测定法测量）与参考文献中所有测量的rubisco的比较。6,12). 阴影区域表示已知的范围
绿色的植物和藻类以及粉红色的II型细菌rubisco的值。明星，WT R.rubrum；突变体A102Y和V266T。

03 参考文献
Liu Y , Qin Z , Yang X ,et al.High-Voltage Manganese Oxide Cathode with Two-Electron Transfer Enabled by a Phosphate Proton Reservoir for Aqueous Zinc Batteries[J]. 2022.

关注公众号：工大博士科研日常分享
小编有话说：本文仅作科研人员学术交流，由于小编才疏学浅，不科学之处欢迎批评。如有其他问题请随时联系小编。欢迎关注，点赞，转发，欢迎互设白名单。投稿、荐稿：1395179267@qq.com
————————————————

                            版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
                        
原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_58187233/article/details/143365293