pymol 安装、许可证以及报错：pymol not running: entering library mode(experienment)

（1）报错：

通过pymol：interfaceresidue.py 运行时候出现报错：

pymol not running: entering library mode(experienment) 

（2）分析原因：

1. 确认Pymol的安装目录是否正确：你需要检查Pymol的安装位置，确保其安装在正确的位置。可以从Pymol的官方网站或其他可靠的来源上下载Pymol的安装程序，并且确保在安装Pymol时，选择正确的安装路径。

2. 检查Pymol的资源文件是否存在：如果Pymol无法找到必要的资源文件，例如pypovray等库文件，就会出现“entering library mode(experienment)”错误。你可以在Pymol的安装目录中查找这些缺失的库文件，并将它们拷贝到Pymol的安装目录中。

3. 检查环境变量是否设置：Pymol需要一些环境变量来支持其正常运行，例如PYTHONPATH和PYMOL_PATH。这些环境变量需要设置正确，以便Pymol能够正确加载所需的库文件和资源文件。你可以使用命令行的set命令来检查这些环境变量是否设置正确。

4. 更新Pymol版本：如果你的Pymol版本过旧，可能会导致“entering library mode(experienment)”错误。在这种情况下，你需要更新到最新版本的Pymol，或者选择一个经过验证的稳定版本。

5. 检查pymol的许可证是否过期

（3）解决：

一pymol许可证获取：

【学习】：PyMOL免费下载及安装教程【Win版】 - 简书 (jianshu.com)

• 官网：https://pymol.org/2/
• 打开官网，点击DOWNLOAD NOW，选择需要的版本
• 选择保存地址，一路点击next安装

• 经过1，2步骤安装的PyMOL是没有灵魂的试用版本

  此时你需要先有一个邮箱【不限定学校邮箱，亲测163也可以用】

  还是官网，点击右侧按钮“BUY LICENSE”

• 点击“Student/Teacher”

• 填入各项信息【只要邮箱是真实的就可以，其他都可以随便填填】

• 填入验证码，等待激活邮件【验证码是下面的图片：

• 

• 邮件本件，根据网址下载你的注册文件 

• 打开连接之后会让输入账号和密码：对应的就是username，password

• 下载许可证文件

• 打开你的PyMOL,在弹出窗口上找到注册licence点击导入上面下载的注册文件即可 

二、获得许可证之后发现依旧行不通：

interfaceresidue.py 函数进行修改，增加一个文件workdir参数，运行成功 

ps：

conda install -c shrodinger pymol-bundle