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RSS订阅原创 3、微生物α多样性分析-R
反映的是物种丰富度和均匀度的综合状况，常见的有Shannon、Simpson等。群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。反映的是群落内物种的分配状况，也即各物种相对丰度的均匀程度，在同一群落内与丰富度指数呈正相关，常见的有Pielou等。反映的是群落内物种的丰富程度，常见的有Sobs、Chao、ACE等。Sobs为该样本实际包含的OTU（或ASV等）的物种数目。而Chao为修正后的物种数目。
2023-08-06 21:07:52
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原创 2、用R做OTU表的adonis和anosim分析
Adonis，多元方差分析，亦可称为非参数多元方差分析。其原理是利用距离矩阵（比如基于Bray-Curtis距离、Euclidean距离）对总方差进行分解，分析不同分组因素对样品差异的解释度，并使用置换检验对其统计学意义进行显著性分析。ANOSIM（analysis ofsimilarities）分析，也叫相似性分析，主要是用于分析高维度数据组间相似性的统计方法。R2越大说明组间差异越显著，反之为负值则说明组间差异小于组内差异。在进行pcoa或NMDS分析的时候，经常需要一个p值来衡量组间差异是否显著。
2023-07-28 18:02:01
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空空如也
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