3、微生物α多样性分析-R

        α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此也被称为生境内的多样性（within-habitatdiversity）。群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。

        α分类有多种，分别表达物种的丰富度、均匀度及多样性等。

        多样性指数(Community Diversity)反映的是物种丰富度和均匀度的综合状况，常见的有Shannon、Simpson等。Shannon指数反映的是物种丰度与均匀度，与这两者均呈正相关；Simpson指数为在样本中抽取两条序列属于不同种的概率。Shannon指数越高表明α多样性越高，而Simpson相反（但当前很多Simpson是1-x）。

        丰富度指数(Community Richness)反映的是群落内物种的丰富程度，常见的有Sobs、Chao、ACE等。Sobs为该样本实际包含的OTU（或ASV等）的物种数目。而Chao为修正后的物种数目。（有的文章中Sobs也称Richness）

       

        接下来上代码！（该处使用宏基因组数据rpkm作为丰度表，有小数）

#先加载可能需要的所有包。
library(vegan)
#加载数据
df = read.delim("C:/Users/Shizhe Zhang/Desktop/VOTU.txt", row.names=1,header = T, sep = "\t")
#可以查看用法
#?diversity()
Shannon = diversity(df, index = "shannon", MARGIN = 2, base = exp(1)) #MARGIN决定横竖，base为底，此处为e
Simpson = diversity(df, index = "simpson", MARGIN = 2, base =  exp(1))
Richness = specnumber(df, MARGIN = 2) # Sobs
result1$pielou = Shannon/log(Richness,2)
#以数字形式统计成表格并合并
result1 = as.data.frame(cbind(Shannon, Simpson, Richness))
#加载分组文件
group = read.delim("C:/Users/HUAWEI/Desktop/group.txt", header = T)
result1$group=group[,2]  # 合并分组文件
shannon= ggplot(data=result1, aes(y=Shannon, fill=group,x=group)) +  #确定xy和颜色
  stat_boxplot(geom = "errorbar",width = 0.3)+  #添加误差棒
  geom_boxplot() +  #画箱线图
  theme_classic()+  #取消背景
  labs(y = "Shannon",x= "Group")  #标注xy轴名字

df格式如下：

group格式如下：