R语言常用代码|处理各种文件

（自学用）

一、工作路径

1.使用getwd()函数来显示当前工作目录；

getwd()

2.使用setwd()函数更改当前目录；

setwd("D:/R")

注意：是"/"，而不是"\"!!!

二、读取各类文件

read.table(“xxx.txt”,head=TRUE|FALSE)

read.csv("xxx.csv",row.names="xxx",sep = ",") #row.names用于读入行名

特殊文件类型：

1.gtf（基因集注释）

library("rtracklayer")
gtf= import('xxxx.gtf') 
#这里使用import导入gtf文件， 生成一个GRangs对象
gtf_data = as.data.frame(gtf)

三、导出各类文件

1.R.data

save(数据1,数据2,...,file = "XXX.Rdata")

2.write.table(数据，"XXX.tsv",sep="\t")

write.table(mydata, "c:/mydata.tsv", sep="\t")