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原创 汇总MHIM,RRT,pathology-mil

-model_path:日志根路径。--project:日志子路径。--title:日志名称。

2024-09-04 17:30:46 118

原创 LongNet复现

解决办法:在膨胀注意力计算时,代码没有将输出维度与输入维度统一,修改这部分代码使其维度统一。1.出现block(x) + x维度不统一导致无法想加报错。1.将代码文件拷贝到WSL。运行train.py文件。

2024-07-30 15:29:17 111

原创 Vscode如何能正确引入上级目录里的包

1.为项目创建虚拟环境,例如该项目,我创建的虚拟环境为LONGNET-MASTER。2.找到环境路径,并打开该环境下的site-packages文件夹,如上图所示。然后回到项目里,你就会发现代码能正常运行了。(原理我也不懂,跟着别人教程搞的)如果不做处理,引入其他文件内的函数会报错,表示找不到文件。3.在该文件夹下新建一个文件:mypath.pth。

2024-07-22 20:15:44 243

原创 使用Vscode调试运行带args参数的代码

1.创建launch.json文件:2.编辑launch.json文件:

2024-07-10 16:57:31 171

原创 WSI切小图

使用代码:仅使用tile_WSI.py。

2024-07-08 09:17:50 119

原创 MHIM-MIL复现

【代码】MHIM-MIL复现。

2024-04-11 09:41:06 382 1

原创 bayes_mil复现

-data_root_dir:数据地址,其中需要包含pt_files和h5_files。1.使用其他数据集的时候在读取h5文件中的"features"时说没有该属性,未解决。--dataset:我自定义的日志输出子目录,便于在不同数据集时记录在不同文件夹。--exp_code:日志输出地址。

2024-04-03 19:06:43 321

原创 MDMIL复现

表示模型没有forward:在dsmil.py文件中模型中def forward需要往右整体移动一个Tab。注意给的参数不要带引号,否则地址目录也会带引号导致识别不到正确路径。标签格式类似于这样,提供测试集的标签列表。给予按上面格式创建好的根目录。

2024-03-20 23:11:01 159 3

原创 FRMIL复现过程

按照scripts/train/wsi_frmil.sh的数据设置超参数:注意超参数前方只需一个-,与定义时对应。给予前面下载的feats_simclr_m1_l1_sat_dsmil目录。下载指定c16数据集,可能需要翻墙才能进入指定网址,:提供,但不需要赋值。:提供,但不需要赋值。

2024-03-19 18:54:29 119 1

原创 RRT-MIL复现记录

提供数据标签的label.csv文件内容格式为:两列,第一列记录slide_id,第二列记录label,不需要表头。:给定数据集根目录。根目录下需要有label.csv文件,以及特征数据集.pt文件夹。与model_path路径拼接,将输出结果保存在对应项目名称文件夹内。输出训练后的模型权重ckp.pt文件,和最高性能权重。提供模型名称,令代码运行指定模型。

2024-03-18 11:09:16 558

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