矩池云使用教程

1. 上传文件到我的网盘

2. 租用服务器，选择合适的pytorch版本，或者选择已经搭建好的环境

3. 使用网页版jupyterlab

4. 使用cd命令解压压缩包以及进入到相应的文件路径

5. 使用命令行窗口运行.py文件， 输入默认参数

一些细节

常用命令：

1. cd /mnt

2. cd filename

3. unzip filename.zip

4. ctrl z

5. fg 1

举例

本次实现的是pathomicfusion中的cnn网络

1上传文件夹

直接在矩池云我的网盘中上传压缩包并用命令行解压

2搭建环境

1. tqdm

2. tables

3. torch_geometric

4. torch_sparse

5. torch_scatter

6. lifelines

7. imblearn

3更改dataloader路径

使用网盘内已经存储的数据集

更改内容：

1. train函数中保存模型的代码块（防止覆盖学长学姐已保存的模型）

2. dataloader中dataset类中读取数据的路径

3. option中默认的读取路径

def parse_args():
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument('--dataroot', default='../../CH/PathomicFusion/data/TCGA_GBMLGG', help="datasets")
    opt = parser.parse_known_args()[0]
    print_options(parser, opt)
    opt = parse_gpuids(opt)
    return opt

4使用命令行运行

使用github中开发者的命令语句

python train_cv.py  --exp_name surv_15_rnaseq --task surv --mode path --model_name path --niter 0 --niter_decay 50 --batch_size 8 --lr 0.0005 --reg_type none --lambda_reg 0 --gpu_ids 0

大部分的option是默认值，其中mode的参数是path，意为本次训练模态是组织学图像cnn卷积网络