上传文件到我的网盘
租用服务器,选择合适的pytorch版本,或者选择已经搭建好的环境
使用网页版jupyterlab
使用cd命令解压压缩包以及进入到相应的文件路径
使用命令行窗口运行.py文件, 输入默认参数
一些细节
常用命令:
cd /mnt
cd filename
unzip filename.zip
ctrl z
fg 1
举例
本次实现的是pathomicfusion中的cnn网络
1上传文件夹
直接在矩池云我的网盘中上传压缩包并用命令行解压
2搭建环境
tqdm
tables
torch_geometric
torch_sparse
torch_scatter
lifelines
imblearn
3更改dataloader路径
使用网盘内已经存储的数据集
更改内容:
train函数中保存模型的代码块(防止覆盖学长学姐已保存的模型)
dataloader中dataset类中读取数据的路径
option中默认的读取路径
def parse_args():
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--dataroot', default='../../CH/PathomicFusion/data/TCGA_GBMLGG', help="datasets")
opt = parser.parse_known_args()[0]
print_options(parser, opt)
opt = parse_gpuids(opt)
return opt
4使用命令行运行
使用github中开发者的命令语句
python train_cv.py --exp_name surv_15_rnaseq --task surv --mode path --model_name path --niter 0 --niter_decay 50 --batch_size 8 --lr 0.0005 --reg_type none --lambda_reg 0 --gpu_ids 0
大部分的option是默认值,其中mode的参数是path,意为本次训练模态是组织学图像cnn卷积网络