生态系统服务功能簇划分 SOM代码（个人学习笔记备份）

水野真纪

已于 2024-06-17 13:18:00 修改

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分类专栏： R 文章标签：算法开发语言

于 2024-06-16 21:17:07 首次发布

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#############################
#####Self-organizing maps####
#############################

# Unsupervised self-Organizing Maps
#install.packages("kohonen")
library(kohonen)

# file setting
setwd("C:/Users/qkz952/Desktop/Published outputs/Courses/SOM_GWR")
library(readxl)


#watershed scale input data
data<-read.csv("SOMdata.csv",header=T)

#data pre-processing
str(data)
X<-scale(data[,-1])
summary(X)

# SOM
set.seed(2022)

g<-somgrid(xdim=3,ydim=2,topo="rectangular")


map<-som(X,grid=g,radius=1)


# map results
plot(map, type="counts")
plot(map, type="codes")




#output results
map$codes

map$unit.classif

output<-cbind(data,map$unit.classif)

write.table(output,file="BundleResultsSOM.csv",sep = ",",row.names=FALSE)