ProLaTherm使用方法（未写完）

学习使用prolatherm预测蛋白质稳定性，以期望获得稳定性更高的蛋白质。

开源文件在github上，操作步骤参考readme文件，但由于github有时网络较慢，所以相关内容克隆在gitee中。

在自己的虚拟机上使用protherm

1.建立目录

mkdir protein
cd protein

2.克隆仓库（即gitee中所有文件）

原readme文件是直接克隆github中的，但国内打不开就换方法了。
至于为什么我要重复这愚蠢的问题，因为我之前克隆不了，还以为是虚拟机的问题，重装以后还是不行，老师告诉我github打不开，我真是太愚钝。差点要下载到本地再挪过去，还好发现gitee可以直接克隆，感恩。

git clone https://gitee.com/weirdooo/ProLaTherm.git

3.进入Docker

 cd protein/ProLaTherm/prolatherm/Docker

4.配置所需环境

python环境3.8，且需要提前安装pip3。

sudo apt install python3-pip
python --version
conda create --name python38 python=3.8 -y
source ~/.bashrc
conda activate python38
pip3 install -r requirements.txt
cd ..

成功界面可以看到successfully等一长串英文，结束后回到上一级文件目录下。

5.运行

5.1在自己的虚拟机运行bug1

避免文件路径出错，我把上面prolatherm改成了protein。

mkdir results
python3 run_prolatherm.py -df /home/clingboo/protein/ProLaTherm/prolatherm/assets/dummy_data.fasta -sd results

第一次运行出错了，因为没有下载torch，于是先下载torch。

确定pip是否成功安装
pip --version
安装torch
pip install torch

检查是否安装成功
import torch
print(torch.__version__)

出现版本信息即为成功
1.11.0+cu102

5.2在自己的虚拟机运行bug2

第二次又出错了，因为国内无法直接访问Hugging Face，就无法抓取到transformers模型，只能本地下载再指定路径，或者采用其他方式，参考：
从Hugging Face上手动下载并加载预训练模型
如何快速下载huggingface模型——全方法总结
如何优雅的下载huggingface-transformers模型

5.3换服务器运行

序列文件
序列文件格式如下:
第一行ID，第二行氨基酸序列。
备注：每个fasta文件里至少包含10种酶，较少好像运行报错。

tr|A0A6S4QM97|A0A6S4QM97_GLYUR
MDLEREEIEKPLKLYFIHYLAAGHMIPLCDIATLFASRGHHVTIITTPSNAQ

准备slurm文件

touch GuGT14.slurm
vim GuGT14.slurm

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks-per-node=20  
#SBATCH --time=10:00:00  
#SBATCH --partition=normal,sg
#SBATCH --job-name=GuGT14
#SBATCH --output=GuGT14.log
cd /public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm
python3 run_prolatherm.py -df /public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm/assets/uniprotkb.GuGT14.fasta
 -sd public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm/results

touch 73P12.slurm
vim 73P12.slurm

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 
#SBATCH --ntasks-per-node=20  
#SBATCH --time=10:00:00  
#SBATCH --partition=normal,sg
#SBATCH --job-name=73P12
#SBATCH --output=73P12.log
cd /public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm
python3 run_prolatherm.py -df /public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm/assets/uniprotkb.73P12.fasta
 -sd public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm/results

提交slurm文件

cd /public2/home/hubueeg3/ProLaTherm/prolatherm
sbatch GuGT14.slurm 
sbatch 73P12.slurm
squeue

查看运行结果
结果在ProLaTherm目录下，是csv文件。