可视化应用实战案例：metacoder-相关进化树图的绘制

文宇肃然

于 2022-01-08 06:00:00 发布

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分类专栏：可视化工具数据分析实战应用文章标签： R语言可视化

本文链接：https://blog.csdn.net/wenyusuran/article/details/122237590

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这篇博客介绍了如何利用R语言的metacoder包进行数据结构的学习和进化树图的绘制，包括安装R包、理解tibble格式的OTU表格，以及尝试不同的可视化布局展示。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

metacoder 包学习

安装和导入R包

#--选择安装cran或者github中的R包
# if(!require(metacoder))install.packages("metacoder")
# if(!require(metacoder))devtools::install_github("grunwaldlab/metacoder")

#--导入R包，开始学习
library(metacoder)
#---构造自己的数据
library(ggClusterNet)
library(tidyverse)
library(phyloseq)

学习数据结构

metacoder包使用的数据是tibble格式的数据框，一个OTU表格，包含原始OTU的count，并未抽平。

data(ps)
tax = ps %>%
  subset_taxa(Kingdom == "Bacteria") %>%
  filter_OTU_ps(100) %>%
  vegan_tax() %>%
  as.data.frame()

otu = ps %>%
  subset_taxa(Kingdom == "Bacteria") %>%
  filter_OTU_ps(100) %>%
  vegan_otu() %>% t() %>%
  as.data.frame()
head(otu)

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