改变bam文件header的方法：samtools reheader和picard AddOrReplaceReadGroups

介绍两种更改bam文件header的方法：

1. Samtools工具的reheader方法；

2. Picard软件的AddOrReplaceReadGroups方法；

 

两种方法有什么区别呢？Samtools仅能修改header信息，但是picard不仅能修改header信息，还可以用户自定义添加read group信息。所以如果你没有什么高级的需求用samtools就可以（因为速度更快）。

 

最近测试svaba的时候发现，如果bam文件header的染色体顺序和reference的染色体顺序不一致的话软件会报错，因此需要对输入的bam进行reheader操作。

 

第一种方法：Samtools reheader

有两种写法，可以给它一个拥有你想要的header的bam文件（下面示例是in.header.bam），这样软件会把输入的in.bam文件的header改成模板bam的header；

samtools reheader -i in.header.bam in.bam > out.bam

另一种方法是以sam的格式直接提供需要的header；

samtools reheader header.sam in.bam > out.bam

第二种方法：picard AddOrReplaceReadGroups

java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups \
       I=input.bam \
       O=output.bam \
       RGID=4 \
       RGLB=library1 \
       RGPL=illumina \
       RGPU=unit1 \
       SORT_ORDER=coordinate \
       RGSM=sample1

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