【R语言】必学包之dplyr包

     Rdplyr可用于处理R内部或者外部的结构化数据,相较于plyr包,dplyr专注接受dataframe对象大幅提高了速度,并且提供了更稳健的数据库接口。同时,dplyr包可用于操作Sparkdataframe。本文只是基础的dplyr包学习笔记,所以并不会讨论一些高级应用,或者与data.table包的性能比较。

1.  数据集类型转换

    tbl_df()可用于将过长过大的数据集转换为显示更友好的 tbl_df 类型。使用dplyr包处理数据前,建议先将数据集转换为tbl对象。

  语法 : tbl_df(data)

  举例 1:

#data.frame类型数据集
class(mtcars)
#转换为tbl_df类型
ds <- tbl_df(mtcars)
#转换为data.frame类型
df <- as.data.frame(ds)
2.   筛选:  filter

    filter() 和slice()函数可以按给定的逻辑条件筛选出符合要求的子数据集, 类似于 base::subset() 函数,但代码更加简洁, 同时也支持对同一对象的任意个条件组合(表示AND时要使用&或者直接使用逗号),返回与.data相同类型的对象。原数据集行名称会被过滤掉。

  语法 : filter(.data, ...)

  举例 1:

#过滤出cyl == 8的行
filter(mtcars, cyl == 8)
filter(mtcars, cyl < 6)
#过滤出cyl < 6 并且 vs == 1的行
filter(mtcars, cyl < 6 & vs == 1)
filter(mtcars, cyl < 6, vs == 1)
#过滤出cyl < 6 或者 vs == 1的行
filter(mtcars, cyl < 6 | vs == 1)
#过滤出cyl 为4或6的行
filter(mtcars, cyl %in% c(4, 6))

  语法 : slice(.data, ...)

  slice() 函数通过行号选取数据。

  举例 2:

#选取第一行数据
slice(mtcars, 1L)
filter(mtcars, row_number() == 1L)
#选取最后一行数据
slice(mtcars, n())
filter(mtcars, row_number() == n())
#选取第5行到最后一行所有数据
slice(mtcars, 5:n())
filter(mtcars, between(row_number(), 5, n()))
3. 排列: arrange

  arrange()按给定的列名依次对行进行排序,类似于base::order()函数。默认是按照升序排序,对列名加 desc() 可实现倒序排序。原数据集行名称会被过滤掉。

  语法 : arrange(.data, ...)

  举例1:

#以cyl和disp联合升序排序
arrange(mtcars, cyl, disp)
#以disp降序排序
arrange(mtcars, desc(disp))
4. 选择: select

  select()用列名作参数来选择子数据集。dplyr包中提供了些特殊功能的函数与select函数结合使用, 用于筛选变量,包括starts_with,ends_with,contains,matches,one_of,num_range和everything等。用于重命名时,select()只保留参数中给定的列,rename()保留所有的列,只对给定的列重新命名。原数据集行名称会被过滤掉。

  语法 : select(.data, ...)

  举例 1:

iris <- tbl_df(iris)
#选取变量名前缀包含Petal的列
select(iris, starts_with("Petal"))
#选取变量名前缀不包含Petal的列
select(iris, -starts_with("Petal"))
#选取变量名后缀包含Width的列
select(iris, ends_with("Width"))
#选取变量名后缀不包含Width的列
select(iris, -ends_with("Width"))
#选取变量名中包含etal的列
select(iris, contains("etal"))
#选取变量名中不包含etal的列
select(iris, -contains("etal"))
#正则表达式匹配,返回变量名中包含t的列
select(iris, matches(".t."))
#正则表达式匹配,返回变量名中不包含t的列
select(iris, -matches(".t."))
#直接选取列
select(iris, Petal.Length, Petal.Width)
#返回除Petal.Length和Petal.Width之外的所有列
select(iris, -Petal.Length, -Petal.Width)
#使用冒号连接列名,选择多个列
select(iris, Sepal.Length:Petal.Width)
#选择字符向量中的列,select中不能直接使用字符向量筛选,需要使用one_of函数
vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(iris, one_of(vars))
#返回指定字符向量之外的列
select(iris, -one_of(vars))
#返回所有列,一般调整数据集中变量顺序时使用
select(iris, everything())
#调整列顺序,把Species列放到最前面
select(iris, Species, everything())
  举例 2:

df <- as.data.frame(matrix(runif(100), nrow = 10))
df <- tbl_df(df[c(3, 4, 7, 1, 9, 8, 5, 2, 6, 10)])
#选择V4,V5,V6三列
select(df, V4:V6)
select(df, num_range("V", 4:6))
  语法 : rename(.data, ...)

  举例 3:

#重命名列Petal.Length,返回子数据集只包含重命名的列
select(iris, petal_length = Petal.Length)
#重命名所有以Petal为前缀的列,返回子数据集只包含重命名的列
select(iris, petal = starts_with("Petal"))
#重命名列Petal.Length,返回全部列
rename(iris, petal_length = Petal.Length)
5.变形: mutate

  mutate()和transmute()函数对已有列进行数据运算并添加为新列,类似于base::transform() 函数, 不同的是可以在同一语句中对刚增添加的列进行操作。mutate()返回的结果集会保留原有变量,transmute()只返回扩展的新变量。原数据集行名称会被过滤掉。

  语法 : mutate(.data, ...)

        transmute(.data, ...)

  举例 1:

#添加新列wt_kg和wt_t,在同一语句中可以使用刚添加的列
mutate(mtcars, wt_kg = wt * 453.592, wt_t = wt_kg / 1000)
#计算新列wt_kg和wt_t,返回对象中只包含新列
transmute(mtcars, wt_kg = wt * 453.592, wt_t = wt_kg / 1000)
6. 去重: distinct

  distinct()用于对输入的tbl进行去重,返回无重复的行,类似于 base::unique() 函数,但是处理速度更快。原数据集行名称会被过滤掉。

  语法 :distinct(.data, ..., .keep_all = FALSE)

  举例 1:

df <- data.frame(
  x = sample(10, 100, rep = TRUE),
  y = sample(10, 100, rep = TRUE)
)
#以全部两个变量去重,返回去重后的行数
nrow(distinct(df))
nrow(distinct(df, x, y))
#以变量x去重,只返回去重后的x值
distinct(df, x)
#以变量y去重,只返回去重后的y值
distinct(df, y)
#以变量x去重,返回所有变量
distinct(df, x, .keep_all = TRUE)
#以变量y去重,返回所有变量
distinct(df, y, .keep_all = TRUE)
#对变量运算后的结果去重
distinct(df, diff = abs(x - y))
7. 概括: summarise

  对数据框调用函数进行汇总操作, 返回一维的结果。返回多维结果时会报如下错误:
  Error: expecting result of length one, got : 2
原数据集行名称会被过滤掉。

  语法 :summarise(.data, ...)

   举例 1:

#返回数据框中变量disp的均值
summarise(mtcars, mean(disp))
#返回数据框中变量disp的标准差
summarise(mtcars, sd(disp))
#返回数据框中变量disp的最大值及最小值
summarise(mtcars, max(disp), min(disp))
#返回数据框mtcars的行数
summarise(mtcars, n())
#返回unique的gear数
summarise(mtcars, n_distinct(gear))
#返回disp的第一个值
summarise(mtcars, first(disp))
#返回disp的最后个值
summarise(mtcars, last(disp))
8. 抽样: sample

  抽样函数,sample_n()随机抽取指定数目的样本,sample_frac()随机抽取指定百分比的样本,默认都为不放回抽样,通过设置replacement = TRUE可改为放回抽样,可以用于实现Bootstrap抽样。

  语法 :sample_n(tbl, size, replace = FALSE, weight = NULL, .env = parent.frame())

  举例 1:

#随机无重复的取10行数据
sample_n(mtcars, 10)
#随机有重复的取50行数据
sample_n(mtcars, 50, replace = TRUE)
#随机无重复的以mpg值做权重取10行数据
sample_n(mtcars, 10, weight = mpg)
  语法 : sample_frac(tbl, size = 1, replace = FALSE, weight = NULL,.env = parent.frame())
  举例 2:

#默认size=1,相当于对全部数据无重复重新抽样
sample_frac(mtcars)
#随机无重复的取10%的数据
sample_frac(mtcars, 0.1)
#随机有重复的取总行数1.5倍的数据
sample_frac(mtcars, 1.5, replace = TRUE)
#随机无重复的以1/mpg值做权重取10%的数据
sample_frac(mtcars, 0.1, weight = 1 / mpg)

9. 分组: group

  group_by()用于对数据集按照给定变量分组,返回分组后的数据集。对返回后的数据集使用以上介绍的函数时,会自动的对分组数据操作。

  语法 :group_by(.data, ..., add = FALSE)

  举例 1:

#使用变量cyl对mtcars分组,返回分组后数据集
by_cyl <- group_by(mtcars, cyl)
#返回每个分组中最大disp所在的行
filter(by_cyl, disp == max(disp))
#返回每个分组中变量名包含d的列,始终返回分组列cyl
select(by_cyl, contains("d"))
#使用mpg对每个分组排序
arrange(by_cyl,  mpg)
#对每个分组无重复的取2行记录
sample_n(by_cyl, 2)
   举例 2:
#使用变量cyl对mtcars分组,然后对分组后数据集使用聚合函数
by_cyl <- group_by(mtcars, cyl)
#返回每个分组的记录数
summarise(by_cyl, n())
#求每个分组中disp和hp的均值
summarise(by_cyl, mean(disp), mean(hp))
#返回每个分组中唯一的gear的值
summarise(by_cyl, n_distinct(gear))
#返回每个分组第一个和最后一个disp值
summarise(by_cyl, first(disp))
summarise(by_cyl, last(disp))
#返回每个分组中最小的disp值
summarise(by_cyl, min(disp))
summarise(arrange(by_cyl,  disp), min(disp))
#返回每个分组中最大的disp值
summarise(by_cyl, max(disp))
summarise(arrange(by_cyl,  disp), max(disp))
#返回每个分组中disp第二个值
summarise(by_cyl, nth(disp,2))
   举例 3:
#使用cyl对数据框分组
grouped <- group_by(mtcars, cyl)
#获取分组数据集所使用的分组变量
groups(grouped)
#ungroup从数据框中移除组合信息,因此返回的分组变量为NULL
groups(ungroup(grouped))
  语法 :group_indices(.data, ...)
返回分组后,每条记录的分组id。

  举例 4:

#返回每条记录所在分组id组成的向量
group_indices(mtcars, cyl)
   语法 : group_size(x)

        n_groups(x)

group_size用于返回每个分组的记录数,n_groups返回分成的组数。

  举例 5:

by_cyl <- group_by(mtcars, cyl)
#返回每个分组记录数组成的向量
group_size(by_cyl)
summarise(by_cyl, n())
table(mtcars$cyl)
#返回所分的组数
n_groups(by_cyl)
length(group_size(by_cyl))

  对数据集的每个分组计数,类似于base:: table()函数。其中count已经过group_by分组,而tally需要对数据集调用group_by后对分组数据计数。
  语法 :
tally(x, wt, sort = FALSE)
       
count(x, ..., wt =NULL, sort = FALSE)

  举例 6:

#使用count对分组计数,数据已按变量分组
count(mtcars, cyl)
#设置sort=TRUE,对分组计数按降序排序
count(mtcars, cyl, sort = TRUE)
#使用tally对分组计数,需要使用group_by分组
tally(group_by(mtcars, cyl))
#使用summarise对分组计数
summarise(group_by(mtcars, cyl), n())
   举例 7:
#按cyl分组,并对分组数据计算变量的gear的和
count(mtcars, cyl, wt = gear)
tally(group_by(mtcars, cyl), wt = gear)
10. 数据关联:join

  数据框中经常需要将多个表进行连接操作, 如左连接、右连接、内连接等,dplyr包也提供了数据集的连接操作,类似于 base::merge() 函数。语法如下: 

  #内连接,合并数据仅保留匹配的记录

  inner_join(x,y, by = NULL, copy = FALSE, suffix = c(".x", ".y"), ...) 

  #左连接,向数据集x中加入匹配的数据集y记录

  left_join(x,y, by = NULL, copy = FALSE, suffix = c(".x", ".y"), ...)

  #右连接,向数据集y中加入匹配的数据集x记录

  right_join(x,y, by = NULL, copy = FALSE, suffix = c(".x", ".y"), ...) 

  #全连接,合并数据保留所有记录,所有行

  full_join(x,y, by = NULL, copy = FALSE, suffix = c(".x", ".y"), ...)

  #返回能够与y表匹配的x表所有记录 

  semi_join(x,y, by = NULL, copy = FALSE, ...)

  #返回无法与y表匹配的x表的所有记录

  anti_join(x, y, by = NULL, copy = FALSE, ...) 

 by设置两个数据集用于匹配的字段名,默认使用全部同名字段进行匹配,如果两个数据集需要匹配的字段名不同,可以直接用等号指定匹配的字段名,如, by = c("a" = "b"),表示用x.a和y.b进行匹配。如果两个数据集来自不同的数据源,copy设置为TRUE时,会把数据集y的数据复制到数据集x中,出于性能上的考虑,需要谨慎设置copy参数为TRUE。合并后的数据集中同名变量,会自动添加suffix中设置的后缀加以区分。

  举例 1:

df1 = data.frame(CustomerId=c(1:6), sex = c("f", "m", "f", "f", "m", "m"), Product=c(rep("Toaster",3), rep("Radio",3)))
df2 = data.frame(CustomerId=c(2,4,6,7),sex = c( "m", "f", "m", "f"), State=c(rep("Alabama",3), rep("Ohio",1)))
#内连接,默认使用"CustomerId"和"sex"连接
inner_join(df1, df2)
#左连接,默认使用"CustomerId"和"sex"连接
left_join(df1, df2)
#右连接,默认使用"CustomerId"和"sex"连接
right_join(df1, df2)
#全连接,默认使用"CustomerId"和"sex"连接
full_join(df1, df2)
#内连接,使用"CustomerId"连接,同名字段sex会自动添加后缀
inner_join(df1, df2, by = c("CustomerId" = "CustomerId"))
#以CustomerId连接,返回df1中与df2匹配的记录
semi_join(df1, df2, by = c("CustomerId" = "CustomerId"))
#以CustomerId和sex连接,返回df1中与df2不匹配的记录
anti_join(df1, df2)
11. 集合操作: set

  dplyr也提供了集合操作函数,实际上是对base包中的集合操作的重写,但是对数据框和其它表格形式的数据操作更加高效。语法如下:

    #取两个集合的交集

    intersect(x,y, ...)

    #取两个集合的并集,并进行去重

    union(x,y, ...)

    #取两个集合的并集,不去重

    union_all(x,y, ...)

    #取两个集合的差集

    setdiff(x,y, ...)

    #判断两个集合是否相等

     setequal(x, y, ...)

  举例 1:

mtcars$model <- rownames(mtcars)
first <- mtcars[1:20, ]
second <- mtcars[10:32, ]
#取两个集合的交集
intersect(first, second)
#取两个集合的并集,并去重
union(first, second)
#取两个集合的差集,返回first中存在但second中不存在的记录
setdiff(first, second)
#取两个集合的交集,返回second中存在但first中不存在的记录
setdiff(second, first)
#取两个集合的交集, 不去重
union_all(first, second)
#判断两个集合是否相等,返回TRUE
setequal(mtcars, mtcars[32:1, ])

12. 数据合并: bind

    dplyr包中也提供了按行/列合并数据集的函数,合并的对象为数据框,也可以是能够转换为数据框的列表。按行合并函数bind_rows()通过列名进行匹配,不匹配的值使用NA替代,类似于base:: rbind()函数。按列合并函数bind_cols()通过行号匹配,因此合并的数据框必须有相同的行数,函数类似于base:: cbind()函数。原数据集行名称会被过滤掉。语法如下:

    #按行合并,.id添加新列用于指明合并后每条数据来自的源数据框

    bind_rows(...,.id = NULL)

    #按列合并

    bind_cols(...)

    #合并数据集

     combine(...)

  举例 1:

one <- mtcars[1:4, ]
two <- mtcars[11:14, ]
#按行合并数据框one和two
bind_rows(one, two)
#按行合并元素为数据框的列表
bind_rows(list(one, two))
#按行合并数据框,生成id列指明数据来自的源数据框,id列的值使用数字代替
bind_rows(list(one, two), .id = "id")
#按行合并数据框,生成id列指明数据来自的源数据框,id列的值为数据框名
bind_rows(list(a = one, b = two), .id = "id")
#按列合并数据框one和two
bind_cols(one, two)
bind_cols(list(one, two))
   举例 2:
#合并数据框,列名不匹配,因此使用NA替代,使用rbind直接报错
bind_rows(data.frame(x = 1:3), data.frame(y = 1:4))
   举例 3:
#合并因子
f1 <- factor("a")
f2 <- factor("b")
c(f1, f2)
unlist(list(f1, f2))
#因子level不同,强制转换为字符型
combine(f1, f2)
combine(list(f1, f2))
13. 条件语句:ifelse

  dplyr包也提供了更加严格的条件操作语句,if_else函数类似于base::ifelse(),不同的是true和false对应的值必须要有相同的类型,这样使得输出类型更容易预测,因此相对而言执行效率更高。

  语法 :if_else(condition,true, false, missing = NULL)

missing值用于替代缺失值。

  举例 1:

x <- c(-5:5, NA)
#替换所有小于0的元素为NA,为了保持类型一致,因此使用NA_integer_
if_else(x < 0, NA_integer_, x)
#使用字符串missing替换原数据中的NA元素
if_else(x < 0, "negative", "positive", "missing")
#if_else不支持类型不一致,但是ifelse可以
ifelse(x < 0, "negative", 1)
   举例 2:
x <- factor(sample(letters[1:5], 10, replace = TRUE))
#if_else会保留原有数据类型
if_else(x %in% c("a", "b", "c"), x, factor(NA))
ifelse(x %in% c("a", "b", "c"), x, factor(NA))

  case_when语句类似于if/else语句。表达式使用“~”连接,左值LHS为条件语句用于判断满足条件的元素,右值为具有相同类型的替换值,用于替换满足条件的元素。

  语法 :case_when(...)

  举例 3:

#顺序执行各语句对原向量进行替换,因此越普遍的条件需放在最后
x <- 1:50
case_when(
  x %% 35 == 0 ~ "fizz buzz",
  x %% 5 == 0 ~ "fizz",
  x %% 7 == 0 ~ "buzz",
  TRUE ~ as.character(x)
)
14. 数据库操作: database

  dplyr也提供了对数据库的连接和操作函数,目前仅支持sqlite, mysql,postgresql以及google bigquery。dplyr可把R代码自动转换为SQL语句,然后在数据库上执行以获取数据。实际的处理过程中,所有的R代码并不是立即执行,而是在实际获取数据的时候,一次性在数据库中执行。下面以sqlite数据库为例。

  创建和连接数据库: src_sqlite(path, create = FALSE)

  当create为FALSE(默认),path必须为已存在的数据库路径和全名,为TRUE,会根据设置的path创建sqlite数据库。

  举例 1:

#在默认工作路劲下创建sqlite数据库
my_db <- src_sqlite("dplyrdb.db", create = TRUE)
  列出数据源x中所有的表src_tbls(x)

  举例 2:

#目前数据库中还没有表
src_tbls(my_db)

  导入数据到创建的数据库中并创建相应的表,如果未给出表名则使用传入的data frame名称,导入时可以通过indexes参数给创建的表添加索引, copy_to同时会执行ANALYZE命令以保证表具有最新的统计信息并且执行相应的查询优化。

  导入数据到远程数据源:copy_to(dest, df, name =deparse(substitute(df)), temporary, indexes,...)

  举例 3:

library(nycflights13)
#导入flights数据到数据库中,并创建相应的索引
flights_sqlite <- copy_to(my_db, flights, temporary = FALSE, indexes = list(c("year", "month", "day"), "carrier", "tailnum"))
#已存在表flights
src_tbls(my_db)

  tbl可用于与源数据源(src)中的数据(from)建立连接,from可以是表名或者是SQL语句返回的数据。

  与数据库建立连接: tbl(src, from, ...)

  举例 4:

#查询数据库中表数据,直接给出表名
tb.flight <- tbl(my_db, 'flights')
#查询数据库中表数据,使用SQL语句返回数据
tb.flight2 <- tbl(my_db, sql("SELECT * FROM flights"))
   举例 5:
#操作数据库中数据,语句并没有被实际执行,只有显式获取数据时才会执行
c1 <- filter(tb.flight, year == 2013, month == 1, day == 1)
c2 <- select(c1, year, month, day, carrier, dep_delay, air_time, distance)
c3 <- mutate(c2, speed = distance / air_time * 60)
c4 <- arrange(c3, year, month, day, carrier)

  在未显式获取数据时,所有的操作只是生成tbl_sql对象,可以通过以下操作获取返回相应的SQL语句以及执行计划。

  语法: show_query(x)

        explain(x, ...)

  举例 6:

#返回对象c4对应的SQL语句
show_query(c4)
#返回对象c4对应的SQL语句以及执行计划
explain(c4)

  对于lazy操作的这种机制,数据操作实际并没有真正的执行查询,如果需要返回数据结果,可以用以下的函数强制执行查询并返回结果。

    #强制执行查询,并返回tbl_df对象到R

    collect(x, ...)

    #强制执行查询,并在源数据库中创建临时表存储结果

    compute(x, name = random_table_name(),temporary = TRUE,

    unique_indexes = list(), indexes = list(),...)

    #不强制执行查询,拆分复杂的tbl对象,以便添加额外的约束

     collapse(x, ...) 

  举例 7:

#执行c4查询,返回对象到R
tbl_dfight <- collect(c4)
#执行查询并在数据库中创建临时表,通过src_tbls可查询到新建的temp表
compute(c4, name = 'temp_flights')
src_tbls(my_db)
#实际并没有执行查询,仍可用show_query返回对应的SQL语句
remote <- collapse(c4)
show_query(remote)


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