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目录

前言

1. 分子动力学基础

1.1 原理

1.2 势能

1.3 温度、压强

1.4 牛顿方程的数值解法和周期性边界条件

1.5 LAMMPS软件的并行通信算法

2. Linux系统常见命令和操作

3. LAMMPS介绍和并行版安装（Linux版）

3.1 LAMMPS介绍

3.2 LAMMPS能做的

3.3 LAMMPS不能做的

3.4 LAMMPS编译过程

4. LAMMPS模拟基本流程

4.1 LAMMPS的in文件简介

4.2 in文件的命令解析规则

4.3 LAMMPS的in文件基本内容（很重要必须认真读）

4.4 LAMMPS的运行方法

4.5屏幕日志文件输出

5. 建模和后处理软件概述

6. 出错解决思路

7. 专题一：纳米流动

7.1 引言

7.2 in文件讲解

7.3 后处理

8. 专题二：纳米流体

8.1基本传热性质模拟

8.2 Green-Kubo法计算热导率和粘度

8.3 RNEMDS方法计算热导率和粘度

9. 专题三：润湿

9.1 moltemplate建模

9.2 in文件讲解

9.3 MS+packmol建模

9.3.1 所需软件

9.3.2 使用Packmol建立液滴模型

9.3.3 使用packmol和MS建模

9.3.4 使用MS建立基底+基底液滴合并

9.3.5  LAMMPS的data文件导出与in文件编写

10. 专题四：拉伸、压缩、剪切、弯曲、扭转、疲劳

10.1 引言

10.2 拉伸

10.3 压缩

10.4 剪切

10.5 弯曲

10.6 扭转

10.7 疲劳

11. 专题五：传热

12. 专题六：回转半径和扩散

12.1 建模

12.2模拟

12.3 结果

13. 专题八：摩擦和磨损

13.1 引言

13.2 一个简单的例子

13.3 二维粗糙度铜块对磨模拟

14. 专题九：反应分子动力学ReaxFF

14.1 ReaxFF力场公式介绍

14.2 ReaxFF力场拟合软件介绍

14.2.1 安装

14.2.2 基本使用

14.3 ReaxFF力场验证

15. 专题十：耗散粒子动力学

15.1 简单流动

15.2 滑移边界条件控制方法

16. 专题十一：自由能

17. 专题十二：LAMMPS实现小分子有机半导体的沉积

17.1 研究背景

17.2 建模细节

17.3 模拟过程

17.4 模拟结果

17.5 结果分析

18. LAMMPS源代码解析

18.1 LAMMPS的一个时间步是如何工作的