小工具之ReaxFF产物个数随时间的变化统计

本例发布ReaxFF力场反应物和产物个数随模拟时间的变化曲线。依据该变化曲线可计算反应速率。代码功能可以针对一个输出文件，也可以针对多个输出文件。但要求多个输出文件是针对一个模拟在不同条件下的反应，如不同温度或不同压强。输出文件有lammps的命令

fix reax/c/species command

这是旧版的命令最新版的lammps命令应该是

fix reaxff/species command

该命令可以输出每一时间步产物的个数，也可以输出一段时间平均后的产物个数。通过获取产物和反应物随时间的变化代码可以拟合获得反应速率。然后计算的反应活化能。

 

#首先python中要安装scipy和numpy两个库
from scipy.optimize import curve_fit
import numpy as np
import os
case = 2 #不要改变
#work_path文件所在位置（不包含文件名）
work_path = "E:\\work\\ester_reax\\gas\\TAE\\TAE\\&#