R语言学习记录:聚类分析的R实现

时间: 2018-08-04
参考教程: Learn R | 统计建模之聚类分析(上)Learn R | 统计建模之聚类分析(下)
学习内容:聚类分析的R实现
数据来源:《应用多元统计分析》 王学民 编著 P198 习题6.5


聚类分析

1. 计算欧式距离

使用dist函数可以计算欧式距离:

> data <- iris[1:4]
> dist_iris <- dist(data)
> head(as.matrix(dist_iris)[,1:4],4)
          1         2        3         4
1 0.0000000 0.5385165 0.509902 0.6480741
2 0.5385165 0.0000000 0.300000 0.3316625
3 0.5099020 0.3000000 0.000000 0.2449490
4 0.6480741 
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广义遗传力和狭义遗传力是遗传学中的两个重要概念,用于描述个体表型(Phenotype)的遗传性状的遗传程度。在R语言中,可以使用遗传分析软件包进行计算。 1. 广义遗传力(Broad-sense heritability)是指遗传因素对总体表型变异的贡献程度。计算广义遗传力的常用方法是通过计算遗传方差(Vg)和总方差(Vp)的比值来估计,公式如下: 广义遗传力 = Vg / Vp 2. 狭义遗传力(Narrow-sense heritability)是指遗传因素对总体表型变异的可遗传部分的贡献程度。计算狭义遗传力的常用方法是通过计算加性遗传方差(Va)和总方差(Vp)的比值来估计,公式如下: 狭义遗传力 = Va / Vp 在R语言中,可以使用遗传分析软件包“heritability”来计算广义遗传力和狭义遗传力。以下是一个示例代码: ```R # 安装并加载遗传分析软件包 install.packages("heritability") library(heritability) # 假设有一个包含个体表型数据的向量 phenotypes phenotypes <- c(1.2, 1.5, 1.8, 2.1, 2.4) # 假设有一个包含个体亲缘关系的矩阵 relationship_matrix relationship_matrix <- matrix(c(1, 0.5, 0.5, 1, 0.5, 0.5, 1, 0.5, 0.5, 1), nrow = 5) # 计算广义遗传力 broad_heritability <- heritability(phenotypes, relationship_matrix, type = "broad") print(broad_heritability) # 计算狭义遗传力 narrow_heritability <- heritability(phenotypes, relationship_matrix, type = "narrow") print(narrow_heritability) ``` 请注意,上述代码中的 phenotypes 是一个包含个体表型数据的向量,relationship_matrix 是一个包含个体亲缘关系的矩阵。你需要根据实际情况替换这些数据。
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