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RSS订阅原创 BLAST-用python实现
最近在自学python，又用python实现了一下BLAST。这次更新了打分函数如下，空位罚分改为-5，但不区分gap open 和 gap extend。
2015-02-02 15:02:09
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原创 BLAST-动态规划算法
BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，它是生物信息学中最常用的工具，工作中每天都会用到。今天闲来无事，自己用java写了一段代码来实现这一功能。算法思想很简单，利用动态规划，全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里两个碱基若匹配得1分，不匹配和空位（对应碱基的插入或缺失）都会罚1分，这是最简单的打分函数，实际的要远比这复杂，这里不做讨论。
2015-02-02 11:05:30
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空空如也
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