BLAST-动态规划算法

BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，它是生物信息学中最常用的工具，工作中每天都会用到。今天闲来无事，自己用java写了一段代码来实现这一功能。

算法思想很简单，利用动态规划，全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里两个碱基若匹配得1分，不匹配和空位（对应碱基的插入或缺失）都会罚1分，这是最简单的打分函数，实际的要远比这复杂，这里不做讨论。

//@author:Jiuyu
public class Blast {
	public static String reverse(String s)
	{
		String r_s= "";
		char [] a = s.toCharArray();
		for(int i =a.length-1;i>=0;i--)
		{
			r_s += a[i];
		}
		return r_s;
	}
	public static String