毕业论文积累词句

• 特征基因筛选然后做分类的本质 Data analysis usually involves the extraction of patterns that can be useful for classifying a given tissue sample based on its gene expression profile. This procedure consists of identifying the genes that contribute most to successful classification, thereby deriving what is commonly termed a “gene-signature” . The class of interest may represent a diagnostic category (e.g., malignant or benign), a survival group based on the outlook without treatment (e.g., survival of 5 years or more, or not), or categories of treatment response (e.g., toxicity response to treatment with an EGFR kinase inhibitor).
  数据分析通常包括提取模式，这些模式可用于根据给定的组织样本的基因表达谱对其进行分类。这一过程包括识别对成功分类贡献最大的基因，从而获得通常称为“基因签名”的东西。兴趣的类别可能代表一个诊断类别(例如，恶性或良性)，一个基于不治疗前景的生存组(例如，5年或更长的生存期，或不)，或治疗反应类别(例如，使用EGFR激酶治疗的毒性反应
• high dimensionality of the data(数据的高维性)
• 用来分类的决策树(decision tree)就叫分类树(classfication tree),用来回归的决策树叫回归树(regression tree).分类树和回归树合起来也叫做CART(Classification And Regression Tree)
• 探索胶质瘤分级的意义 Treatment planning for gliomas is dependent on many factors, including patient age and grade, but gliomas assigned to WHO grades III and IV are typically treated very aggressively with radiation and concomitant chemotherapy, whereas WHO grade II gliomas may be treated with chemotherapy or even followed in some cases. Histologic diagnosis and grading of gliomas have been limited by considerable intra- and interobserver variability. While the emergence of molecular subtyping has resolved uncertainty related to lineage, criteria for grading need to be redefined in the context of molecular subtyping.
  胶质瘤的治疗计划取决于许多因素，包括患者年龄和级别，但是被分配到WHO III级和IV级的胶质瘤通常非常积极地接受放疗和伴随化疗，而WHO II级胶质瘤可能接受化疗治疗，甚至在某些情况下进行随访。神经胶质瘤的组织学诊断和分级受到观察者内和观察者间相当大的差异性的限制。虽然分子亚型的出现解决了与谱系有关的不确定性，但分级标准需要在分子亚型的背景下重新定义。
• 目前，既往脑胶质瘤的临床仍需依赖基于细胞形态的病理学诊断，这有一些明显的缺陷，如：可能由于主观认识的不同而造成诊断差异，分型后有一定预后及预测效果但尚未明确。因此，建立一种更客观有效的分型方案迫在眉睫。
• 脑胶质瘤分子标志物与分子分型研究进展:
  胶质瘤的分子诊断 逐渐成为了 胶质瘤组织学诊断 的有益补充。因为全套分子检测是较为昂贵的检查，国内医保尚没有覆盖。所以只做必需的分子检测较为可行.首先，对于胶质瘤患者如果有能力做分子检测，那么首当其冲的就是异柠檬酸脱氢酶（isocitrate dehydrogenase，IDH)突变。最新的指南推荐 对所有 胶质瘤患者 都进行IDH 突变检测。且如果 R132H 免疫标记 的结果阴性，在适当的场合里，强烈建议对 IDH1和IDH2进行测序来探测不常见的 IDH1和IDH2 突变。IDH 突变诊断价值在于它只见于 II级和III级星形细胞瘤 和少突胶质细胞瘤以及继发的胶质母细胞瘤。而原发的胶质母细胞瘤肯定是IDH野生型。另外IDH突变等同于是弥漫性浸润性胶质瘤 的一个证据。还有，真正的 I级非浸润胶质瘤，例如 毛细胞型星形细胞瘤 和 神经节胶质瘤，并不包含IDH突变。如果在此类病例中探测到 IDH突变 提示这个肿瘤的级别至少为 II级弥漫性浸润性胶质瘤。IDH 突变的预后意义在于：IDH 突变常常伴随MGMT启动子甲基化。也就是说，如果担心花费，可以省去MGMT的检测。如果一个肿瘤存在IDH1或2 突变则意味着此患者的预后相对良好。其根本在于此类患者对放疗或烷化剂化疗很有效(对治疗方案选择)。
  IDH突变就是肿瘤细胞利用“代谢重编程”来为自身创造有利生长条件的典型案例.IDH1和IDH2突变与肿瘤的发生和发展有密切的关系.
  2008年，Parsons等人在对22名恶性胶质瘤患者进行全基因测序时才发现这批病人中12%患者存在IDH1基因的突变，突变位点是R132(第132位的精氨酸残基，且88%是突变成组氨酸),而IDH2突变则主要发生在R172、R140这两个位点。此后的2009年又有文章报道称急性髓系白血病（AML）患者存在IDH1突变。除了胶质瘤和AML，在其它肿瘤如软骨肉瘤中IDH突变频率也颇高.
  Enasidenib的上市证实了IDH突变作为肿瘤治疗靶点的可靠性。
• 肿瘤标志物简单的说是指在肿瘤发生、增殖过程中血液内异常升高的一类物质。主要包括蛋白质、激素、癌基因产物等。这些物质在癌症患者中出现的水平显著高于正常人。临床上是作为肿瘤的辅助诊断、判断肿瘤治疗效果和预后的一个参考指标。
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• 新一代测序技术:大规模并行测序技术，也就是新一代测序（NGS），已经彻底改变了生物科学。 借助NGS的超高通量、可扩展性和速度，研究人员能够开展广泛的应用，以前所未有的水平研究生物系统。传统的DNA测序技术已不能满足当今复杂的基因组研究问题对信息深度的需求。新一代测序弥补了这一空缺，成为了解决这类问题的常用研究工具。
  NGS使得研究人员能够：1.快速对全基因组进行测序 2.利用RNA测序（RNA-Seq）来发现全新的RNA变异和剪接部位，或者在基因表达中定量分析mRNA 3.分析表观遗传学因素，例如全基因组DNA甲基化和蛋白质-DNA相互作用 4.对癌症样本进行测序，研究稀有体细胞变异、肿瘤亚克隆等 5.研究人体或环境中的微生物多样性. 人类基因组计划使用毛细管电泳进行桑格测序，耗时10年，花费近30亿美元。相比之下，新一代测序让普通人员也能进行大规模全基因组测序（WGS）。它使科学家能够在单个测序实验中分析完整的人类基因组，或每年对成千上万个基因组进行测序。
• 人全基因组重测序(WGS)
• 全外显子测序(Whole-exome sequencing，WES)是应用频率最高的基因组测序方法。外显子是人基因组的蛋白编码区域，利用序列捕获技术可以将其DNA捕获并且富集。相比于全基因组测序，外显子区域占比小（约1%),却包含了85%的致病突变。相比全基因组测序，全外显子测序更加经济、高效。外显子组测序主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及UTR区域内的变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据，有利于更好地解释所得变异与疾病的关系。外显子测序在遗传性疾病和肿瘤异质性研究中具有重要作用。由于肿瘤异质性，肿瘤内部有很多亚克隆，有些亚克隆的占比很低，应用外显子高深度测序可以更快、更经济地检测出普通测序深度难以发现的体细胞突变。
• ChIP-Seq: 染色质免疫共沉淀（ChIP）是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing （ChIP Sequencing ），可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。
• RNA测序:
• 真核转录组测序:对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，既可以提供定量分析，检测基因表达水平差异，又可以提供结构分析，能发现稀有转录本，精确地识别可变剪切位点、基因融合等，而且不依赖于参考基因组
• RNA-Seq:对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，可以提供定量分析，检测基因表达水平差异。
• 长链非编码 RNA 测序: LncRNA高通量测序，采用去核糖体链特异性建库方法，对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）所有大RNA转录本数据信息，可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。
• 环状 RNA 测序: 环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，与传统的线性RNA（linear RNA）不同，circRNA分子合呈封闭环状结构，且不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。华大推出环状RNA高通量测序服务，可进行环状RNA的鉴定以及环状RNA与miRNA‘’海绵效应‘’分析， 可实现ceRNA（competing endogenous RNAs，内源竞争RNA）机制等研究。可应用在物种环状RNA表达谱构建，环状RNA疾病生物标记开发，环状RNA作用机制研究等方面。
• 全转录组: 全转录组高通量测序，采用去核糖体链特异性建库方法和小片段富集筛选建库方法，可实现编码RNA和非编码RNA的建库、测序、信息分析及联合分析、ceRNA等，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程（例如发育、疾病等）所有大RNA转录本数据信息，这一项研究将调控机制研究延伸到“ 网、多层面”结合的立体模式，有助于相对全面解读生物学现象.推荐两种测序策略方案：1） 经济型模式-两种文库测序：LncRNA-Seq + Small RNA 2） 大容量模式-三种文库测序：LncRNA-Seq+ Small RNA+ CircRNA
• 华大基因遗传性肿瘤基因检测:通过唾液/血液提取DNA，对受检者样本进行高通量测序，一次检测分析男性23种/女性24种遗传性肿瘤相关基因的突变情况，结合家族病史等信息，可了解遗传性肿瘤患病风险，进行相应的健康管理和早期干预。针对肿瘤患者意义:查找致病基因，提供针对性治疗方案,提示肿瘤预后，预测罹患其他肿瘤的几率;针对患病亲属或健康人群:提示遗传性肿瘤综合征的发病风险,筛选高风险人群，加强后续健康管理
• TNM分期:TNM分期系统由3个范畴所组成:T = 肿瘤,提供有关癌症或肿瘤的资料，例如肿瘤的大小和位置、在原发部位上的生长深度以及是否已入侵至体内附近的器官。T可分为0至4期，分期按照其发展程度而定(0期属最早期; 4期属最晚期) 。不同类型的癌症各自有更详细的描述;N = 淋巴结(Node, N),淋巴结是微小的豆形器官，为淋巴系统的一部分，有助于抵抗感染。期数会因应癌症是否已扩散至淋巴结而界定。M= Metastasis远端转移,即癌症已扩散至身体远端部位。如癌症属于M0，即表示癌症尚未扩散至身体的远端部位。如癌症属于M1，则表示癌症已扩散至身体的远端器官.
• 免疫组化，即免疫组织化学检测，是病理诊断中一种常用的检测手段。即对送检的标本，无论是小标本还是大标本，进行切片、染色，进而根据化学反应使标记抗体的显色剂显色，以此来确定组织细胞内的抗原，对其进行定位、定性及定量的研究。免疫组化对于病理诊断中肿瘤的鉴别诊断、病理类型的判断，以及后续治疗都是十分有帮助的。此外，免疫组化可用于分子分型的判断，即运用免疫组化的方法进行基因检测。现阶段，EGFR、ALK、ROS1是进展期肺腺癌中的“必检”标志物，可扩展至BRAF、MET、RET、ERBB2、KARS，免疫组化检测PD-1/PD-L1也是指导进展期NSCLC患者免疫治疗的一个主要预测指标。免疫组化报告中常出现的EGFR、ALK等.EGFR、ALK是肺癌中常见的两个分子类型，目前全世界范围内都推荐肺癌患者去检测这两个基因，因为一旦检测出基因突变阳性，将有相应疗效不错的靶向药物可以使用。所以，如果有必要做分子病理检测，这两个基因都要常规检测。
• 癌症中的IDH1和IDH2突变(IDH突变) 异柠檬酸脱氢酶(IDH)酶家族包括位于细胞质和过氧化物酶体(IDH1)中的三种同种型和线粒体(IDH2和IDH3)。IDH酶参与许多细胞过程，包括线粒体氧化磷酸化，谷氨酰胺代谢，脂肪生成，葡萄糖感应和细胞氧化还原状态的调节。

IDH突变检测是用于治疗神经胶质瘤患者的有价值的诊断，预后和预测生物标志物。IDH1 和 IDH2 突变以相互排斥的方式发生在近80%的II和III级少突神经胶质瘤和星形细胞瘤和继发性胶质母细胞瘤(即 从较低级别的胶质瘤发展的胶质母细胞瘤) 。相反，只有6%的原发性胶质母细胞瘤患者发现IDH突变。胶质瘤的分子分类主要将这些恶性肿瘤分为IDH突变体和IDH-野生型肿瘤，后者主要由世界卫生组织(WHO)IV级原发性胶质母细胞瘤。IDH突变的存在定义了具有特定临床和分子特征的不同肿瘤亚群，表明这些主要是II级和III级肿瘤具有与原发性IDH-野生型胶质母细胞瘤不同的致病原因。在神经胶质瘤中，与IDH突变的存在相关的临床特征包括呈现年龄较小，额叶位置倾向，更频繁的非增强肿瘤浸润成分和更有利的结果。

• 虽然对人类基因组的的测序已经完成，但真正的关键问题是如何理解 DNA序列中写入的信息。尽管已经进行了许多全基因组的研究，以确定基因的功能，基因的产物，以及它们之间的相互作用，但仍有很多未知的内容需要探索。因为人类基因组中的突变极有可能导致疾病的产生，所以功能分析对于人类健康至关重要。
• 可以把数据来源的平台写上,如:“在这些数据中，mRNA和lncRNA表达数据是基于Illumina HiSeqRNASeq平台获得的，而miRNA数据是从Illumina HiSeqmiRNASeq平台收集的”