6、PCCA
PCCA算法的全称是Perron Cluster Cluster Analysis，名称里有两个cluster是因为这样简写就可以和PCA区分开来（无语……）。PCCA并不是设计来处理传统的聚类问题的，而是专门用于得到马尔科夫链中的cluster。当然，对于一般的聚类问题，只要根据系统特点构造出一个概率转移矩阵，也可以使用PCCA算法。
要解释马尔科夫模型中的cluster，让我们想象有一只跳蚤在了数据点间跳跃转移。它下一个时刻跳到特定数据点上的概率，只跟它当前落在哪个数据点上有关，这显然是一个经典的马尔可夫过程。再让我们假定，跳蚤在点与点之间的跃迁概率跟数据点的“距离”成反比。如果数据点可以分成几个分界明显的cluster，跳蚤大多数时间就只会在某个cluster内部的数据点间转移，在cluster之间的跳跃则相对罕见。
先解释一下马尔科夫模型的一些性质。马尔科夫模型需要的是一个转移矩阵A，元素A(i,j)表示系统从状态i转移到状态j的概率。矩阵的每一列元素之和必须为1，这是因为转移概率总和必须为1。转移矩阵有一个本征值为1的本征矢量，对应着系统的稳态，亦即系统到达这个状态后，它在各个状态的概率分布就不会再发生变化。
为了说明PCCA的原理，我们直接来考虑最为极端的情况，也就是系统由几个完全分离的cluster所构成。对于最为极端的情况，如果系统只能在cluster内部转移，而完全不会在cluster之间转移，那么转移矩阵A就会是分块矩阵的形式，比如下面的系统就可以分为两个完全不连通的cluster，如下面的矩阵。
这样的一个矩阵存在着不止一个本征值为1的本征矢量，因为它的每个分块都可以看做一个转移矩阵，都会对应着一个稳态。比如对于上面的矩阵A，下面两个本征矢的本征值都为1。
如果我们得到的矢量都是这样的理想形式，那么聚类就很简单了，只要得到本征值为1的全部本征矢，把对应的元素大于0的数据点归为一类就可以。十分可惜的是，由于这两个本征矢量是简并的，它们线性叠加产生的矢量也是矩阵的本征值为1的本征矢量，比如这个矢量：
因此PCCA算法的思路，就是要从计算得到实际本征矢量，反推得到理想矢量，从而实现聚类。
如果将计算得到的k个本征值为1的本征列矢量并排合并，成为一个N*k的矩阵，那么矩阵的每一行可以看成对应与数据点的一个坐标。对于理想本征矢（对应下图蓝色基矢），数据点都是落在坐标轴上（因为除了所属的cluster所对应的那个本征值，其余的维度都是0），比如下图的红色和黄色的数据点。但是由于实际得到的本征矢量是理想本征矢的线性叠加，所以基矢就发生了旋转（对应黑色基矢）。
尽管如此，每个cluster的数据点落在一条直线上的性质并没有发生改变。现在的问题就变成了如何找到这些直线的方向。PCCA首先找到离原点最远的数据点，这个点相对于原点的矢量，就对应了一个理想本征矢。然后每一次都找与已知的理想矢量垂直（相对原点），而又离原点最远的数据点。只要找k次，就能找到所有的理想矢量。最后看数据点落在哪个方向上，就可以知道它们属于哪个cluster。实际情况下，矩阵并不会是完全的分块矩阵，所以除了第一个本征矢，其余本征矢量对应的本征值不会完全为1，而是接近于1。cluster之间的转移几率越小，这个算法的准确性自然越高。
聚类结果
PCCA算法的一个优点就是，它可以根据本征值来直接得到cluster的数目，有多少个接近于1的本征值就应该分多少个cluster。当然这也是一个限制，聚类数目不能随意给定，完全由数据性质决定，如果cluster的分界不明显，那么可能聚类就完全无效。
下面是PCCA对样品1的聚类结果。第一幅图是由算法自动判定聚类数目，正好为3，聚类十分成功；第二幅图是人为地要求分为4个cluster，结果算法就基本失效了。
PCCA是除了Chameleon算法外，对样品2聚类结果最好的一个算法。不过它并不能正确地判断出cluster的数目，总共划分出了7个cluster，这里显示了前5个。
PCCA可以自动判定cluster数目，而且也能得到非凸型的cluster，还可以适用于概率转移矩阵的聚类，看上去确实是一个性能比较好的聚类算法。不过，PCCA对数据的性质特征有比较强的预设，当数据性质偏离理想状况较远时，算法的稳定性有待考验。
7、SOM
之所以尝试SOM聚类，主要是因为这是基于神经网络的一种算法，而神经网络本身又是机器学习中的一个重要方法，所以就自己实践一下体会体会。
所谓SOM指的是Kohonen提出的竞争网络，全称是self-organizing map。这个算法有着非常多的改进和变种，在网络的拓扑结构、节点之间的反馈方式等方面各有不同。更一般地说，SOM应该是一个降维算法，它可以将高维的数据投影到节点平面上，实现高维数据可视化，然后也可以继续根据降维之后的数据再进行聚类，就像谱聚类一样。不过，因为这里仅仅是个人的算法尝试，所以我就使用最简单的方式，直接使用SOM进行聚类。
竞争网络，顾名思义就是网络节点相互竞争。对于每一个输入的数据点，网络节点都要进行竞争，最后只有一个节点获胜。获胜节点会根据赢得的数据点进行演化，变得与这个数据点更匹配。如果数据可以明显地分为多个cluster，节点变得跟某个cluster内的数据点更为匹配，一般而言就会跟其它cluster不太匹配，这样其它节点就会赢得了其它cluster的数据点。如此反复学习，每个节点就会变得只跟特定的一个cluster匹配，这样就完成了数据点的聚类。
SOM需要输入数据点的坐标矩阵，对应的，每个网络节点也有一个坐标，初始时刻随机赋值。每次输入一个数据点，与这个数据距离最近的节点获胜，获胜点的坐标向着这个数据点的方向偏移。聪明的看官们肯定发现了，这个简单化的SOM算法跟K-means算法思路基本一致，确实一些文章也提到，在节点数目偏少的情况下SOM的结果就类似于K-means。
聚类结果
SOM的聚类结果确实跟K-means比较类似，不过当聚类数目取为4时，经常也能正确的结果，而不会聚成4个cluster，这个跟学习时间以及节点的初始值有关。这应该是因为SOM的学习方式与K-means直接求平均不同。至于对样品2的聚类，SOM也跟K-means类似，就不贴出来了。
这个SOM聚类只是个人试水，并不能真正代表SOM聚类的最佳效果，仅作参考。
8、Affinity Propagation
Affinity Propagation（简称AP）是一个比较新的算法，在07年发表在Science上面，可见肯定是有一些独到之处的。
个人认为，AP算法的具体实现步骤没有很直观的物理意义，大致上就是一个网络自动演化的过程，实现起来也并不复杂。感兴趣的童鞋可以直接到算法作者的网页，上面也提供了各个版本的实现程序，可以直接拿来使用。
这里我就不详细地叙述算法的实现步骤了，只是介绍一下这个算法的一些特点。
1）AP只要求输入数据点之间相似性矩阵，而且还不需要是对称阵。从这个角度来说，适用范围非常大。
2）AP算法的核心是对于每个cluster找到一个代表数据点exemplar，使得cluster内其它数据点到这个点的距离平方和最小。这是AP算法的一个很大的优点，因为它不仅能完成聚类，还可以给出这个类别的代表。很多时候我们聚类也就是为了找出代表而已。
3）AP算法不能直接知道聚类的数目，它不仅不能判定合适的聚类数目，甚至在聚类完成前，用户都不知道这次会聚出多少个cluster来，只能自己慢慢调整参数，多次尝试……
AP算法的目标函数跟K-means类似，不过中心点不是平均值，而是真实的一个数据点。其实这个算法可以说是K-centers的一个高效实现，但归根到底得到的也就是K-centers最佳情况下的结果而已，跟K-means也类似，都是大小接近的凸型cluster，所以我就不贴结果了。可以说，当你想得到K-centers的结果时，AP算法是你的最佳选择，但如果你的目标不在于此，那就不要用这个方法了。
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