Phonopy源码剖析读取Vasp等软件的输出文件

主要读取Vasp POSCAR文件和Vasp力常数文件

从测试文件入手：test_vasp.py

我们发现，力常数矩阵从xml文件读取

这里的代码在vasp.py中，全部逻辑1000多行，全部都是一些hard code的工作。比较无聊。

Phonopy读取原子结构信息，以及力常数矩阵，然后在此基础上得到动力学矩阵，对角化动力学矩阵得到声子谱，从而得到系统的声子信息。

下面是主要的API class，所有的API信息都存在这一个class中。

class Phonopy(object):
    """Phonopy main API given as a class.

    Attributes
    ----------
    version : str
    unitcell : PhonopyAtoms
    primitive : Primitive
    supercell : Supercell
    symmetry : Symmetry
        Symmetry of supercell.
    primitive_symmetry : Symmetry
        Symmetry of primitive cell.
    supercell_matrix : ndarray
        shape=(3, 3), dtype='intc', order='C'.
    primitive_matrix : ndarray
        shape=(3, 3), dtype='double', order='C'.
    unit_conversion_factor : float
        Phonon frequency unit conversion factor.
    calculator : str
    dataset : dict
    displacements : ndarray or list of list (getter) and array-like (setter).
    forces : ndarray (getter) or array_like (setter).
    force_constants : ndarray (getter) and array_like (setter).
    nac_params : dict
    supercells_with_displacements : list of PhonopyAtoms.
    dynamical_matrix : DynamicalMatrix

    qpoints : QpointsPhonon
    band_structure : BandStructure
    mesh : Mesh or IterMesh
    thermal_properties : ThermalProperties
    thermal_displacements : ThermalDisplacements
    thermal_displacement_matrix : ThermalDisplacementMatrices
    random_displacements : RandomDisplacements
    dynamic_structure_factor : DynamicStructureFactor.
    irreps : IrReps
    moment : PhononMoment
    total_dos : TotalDos

    """