01-VASP介绍与输入文件

一、VASP介绍

       维也纳全始计算模拟包（Vienna Ab initio Simulation Package），简称VASP，是用于执行从头计算量子力学的分子动力学(MD)使用Vanderbilt泛函，或投增强波的方法和一个平面波基组的程序包。[1]理论基础是密度泛函理论(DFT)，但该程序还允许使用后-DFT更正，如混合函数混合密度泛函理论和哈特里–福克交换，多体扰动理论(GW近似)和随机相位近似方法内的动态电子相关。网站资源详见VASP README文件

        完整手册链接：

        链接：https://pan.baidu.com/s/1q3V2g6sesm3dU2xOAvRBHA 
        提取码：nmzh

         Part 1: Introduction to VASP

计算流程：

（1）编写输入文件INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS

（2）编写提交脚本

（3）执行指令 [所用集群规定的提交脚本指令] + [提交脚本文件名]

（4）获取输出文件

二、前置知识

1.DFT离散傅里叶变换

        离散傅里叶变换( DFT ) 将函数的有限等距样本序列转换为离散时间傅里叶变换 (DTFT) 的等距样本的相同长度序列，离散时间傅里叶变换(DTFT) 是频率的复值函数。

        待补充

三、输入文件

①INCAR：控制参数，包括精度，计算采用的函数等；VASP 将其对INCAR文件中数据的解释写入OUTCAR文件。

INCAR文件中部分参数说明（需要用到的）：

EDIFF：如果两个步骤之间的总（自由）能量变化和能带结构能量变化（“特征值变化”）都小于EDIFF（单位为 eV），则电子自由度的松弛将停止。当EDIFF =0 时，将严格执行NELM电子自洽步骤。在大多数情况下，收敛速度是二次的，因此额外迭代的成本通常很小。因此，对于收敛良好的计算，我们强烈建议将EDIFF降低到 1E-6。对于有限差分计算（例如声子），甚至可能需要EDIFF = 1E-7 才能获得精确的结果。另一方面，对于具有许多原子的大型系统和/或使用元 GGA 函数时，实现 1E-8 甚至 1E-7 的能量收敛可能很困难。因此，总体而言，EDIFF = 1E-6 可能是最佳折衷方案。

EDIFFG:EDIFFG定义离子松弛环的中断条件。当EDIFFG为正时，若两个离子步骤之间总能量的变化小于EDIFFG，则弛豫停止；当EDIFFG为负时，当所有力的范数小于 | EDIFFG | 时，松弛停止，这通常是一个更方便的设置；如果EDIFFG = 0，则离子弛豫在NSW步骤后停止。

警告： EDIFFG不适用于分子动力学模拟。

ENCUT：指定平面波基组的能量截止值（单位为 eV），截断能大小决定平面波展开的数量，因此选得越大计算越慢。

截断能：降低计算开销，截断能大小决定平面波展开的数量，因此选得越大计算越慢==>精度与速度平衡

赝势：如果波函数的能量非常高的话，我们就需要用比较大的截断能，这样就显著增大的计算量。事实上，我们知道，原子内核的电子(core electrons)是符合这个条件的，它们的能量都大于外层成键电子。但是计算内层电子的波函数是一个吃力不讨论好的事情，因为它们对于化学成键以及材料的物理性质的影响并不是很大。所以我们不如不去算它们，把它们连带原子核一起看成离子整体，在实际计算中，我们直接用一个势场来描述这个离子造成的势场，然后研究外层电子在这个离子势场中的运动特点。那么用来描述这个离子势场的函数我们就叫做赝势。

ENCUT的值为POTCAR文件中最大的ENMAX，-MIN<~<MIN值。进行计算前应测试材料的合适的ENCUT值，流程如下：

（1）根据上述设定一定数值区间（步长可设为50）

（2）分别提交脚本进行计算

（3）查看log.out文件最后一行收敛能量，当前后ENCUT值的该值大小插值<1（单位：）时，视为收敛。

IBRION：决定原子如何移动和弛豫，即弛豫计算的方式，求解策略

 -1 | 0 | 1 | 2 | 3 | 5 | 6 | 7 | 8 | 40 | 44 

默认值	适用情况
-1	NSW=-1/0
0	其他

取值	适用情况	说明
-1	NSW =−1 或 0	离子没有移动，但执行了NSW外循环。在每个外循环中，电子自由度都会重新优化（对于NSW >0，这显然没有多大意义，除非用于测试目的）。如果不需要离子更新，则改用NSW =0。
0	标准从头算分子动力学	执行分子动力学；所有其他算法旨在松弛到局部能量最小值 积分牛顿运动方程
1	RMM-DIIS准牛顿方法	接近局部最小值，计算速度较快，适合于初始结构和平衡结构较为接近的情况
2	CG共轭梯度法	将离子松弛到其瞬时基态，速度慢一些，找到群居最小的可能性也要大一下
3	离子弛豫-阻尼分子动力学	POTIM参数必须提供合理的时间步长。时间步长过大会导致发散，时间步长过小会减慢收敛速度。稳定的时间步长通常是共轭梯度算法中最小线最小化步长的两倍
5/6	有限差分	使用有限差分确定二阶导数（Hessian 矩阵和声子频率） EDIFF设置为小于或等于 1E-6 的值 IBRION =5 不应用对称性，而IBRION =6 使用对称性来减少位移次数
7/8	密度泛函微扰理论	使用密度泛函微扰理论来计算导数 EDIFF设置为 1E-6  IBRION =7 不应用对称性，而IBRION =8 使用对称性来减少位移次数

ISIF：确定是否计算应力张量以及哪些离子自由度（离子位置、晶胞体积及形状）可以改变

0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 

默认值	适用情况
0	IBRION = 0（分子动力学）或LHFCALC = .TRUE.= 2别的
2	其他

ISIF取值	计算		自由度			适用情况
	力	应力张量	离子位置	晶胞形状	晶胞体积
0	1	0	1	0	0
1	1	仅跟踪	1	0	0
2	1	1	1	0	0	二维结构、已明确计算材料的晶格常数和加压或加应变的情况下
3	1	1	1	1	1	对于体材料，需要弛豫所有方向晶格和原子的话
4	1	1	1	1	0	对于某些需要保留原子间的特殊排列或者有部分原子存在固定（在需要固定的原子坐标最后添加T或F来设置）的情况，用4/6
5	1	1	0	1	0
6	1	1	0	1	1
7	1	1	0	0	1
8	1	1	1	0	1

单点能计算：   对一个给定的固定不变的结构（包括原子、分子、表面或体材料）能够计算其总能，即静态计算功能。

单点能计算：对一个给定的固定不变的结构（包括原子、分子、表面或体材料）能够计算其总能，即静态计算功能。

NSW：设置离子弛豫的最大步数

原子弛豫最大步数，当计算在最大步数之内收敛时计算自动中断，否则在达到最大步数时强制终止

同时在每一步原子弛豫内电子进行自洽计算

每一步内精确计算原子所受的H-F力和应力

默认值：0

IBRION取值	应用	说明
0	分子动力学	NSW给出了所有分子动力学运行中的步数
!0	其他所有最小化算法（准牛顿、共轭梯度和阻尼分子动力学）	定义了离子弛豫的最大步数

在每个离子弛豫步骤中，最多执行NELM电子步骤。如果之前满足了EDIFF设置的收敛标准，则执行的次数会更少。根据每个离子弛豫步骤的 ISIF设置（求解策略）计算力和应力。

POTIM：设置分子动力学中的时间步长 或 离子弛豫中的步长。

IBRION取值	POTIM设置	说明
0	必须设置	分子动力学 POTIM在所有从头算分子动力学运行中给出时间步长（以 fs 为单位），因此必须提供它，否则 VASP 会在启动后立即崩溃。
1/2/3(离子弛豫)	0.5	分别对应于使用拟牛顿算法、共轭梯度算法和阻尼分子动力学的离子弛豫，POTIM标签用作步长缩放常数。拟牛顿算法对此参数的选择特别敏感。
=5， 6	0.015	使用有限差分方法进行声子计算，其中POTIM是用于计算 Hessian 矩阵的每个离子位移的宽度。

②POSCAR：包含晶格几何形状和离子位置

部分	行数	内容
评论	1	第一行保留用于自由用户注释，例如系统描述。每行的最大长度为 40 个字符，超出的字符将被截断。
缩放因子	1	此行可能包含一个或三个数字。如果提供一个数字，则指定通用晶格缩放因子s。它与下一节中的三个向量相乘，以获得晶胞的晶格向量。         此外，如果选择“笛卡尔”模式，离子位置将使用此因子缩放（参见“离子位置”部分）。如果数字为负数，则将其解释为所需的细胞体积。然后，缩放因子s自动计算以获得所需体积。         如果此行提供了三个数字，则它们将作为晶格矢量（和“笛卡尔”模式离子位置）的 x、y 和 z 笛卡尔分量的单独缩放因子。在这种情况下，所有三个数字都必须为正数。
格子	3	此部分包含三行定义晶格向量。每行包含一个晶格向量的未缩放笛卡尔分量。实际的晶格向量是给定数字与晶格缩放因子 的乘积s。如果要直接输入晶格向量并避免任何额外缩放，请将通用缩放因子设置为 1。
元素名称	1	此行列出了当前离子的种类。给定的顺序应与POTCAR文件中出现的种类顺序相匹配。此行是可选的，如果省略，则种类名称取自POTCAR文件。
原子个数	1	此必填行列出了每种物质的离子数量。给定的顺序应与POTCAR文件中物质出现的顺序相匹配。
离子坐标位置		这里，离子位置列出。第一行选择坐标系的两种可能模式之一，给出的解释如下： 1.Direct分数坐标： 2.Cartesian笛卡尔坐标：但是，实际离子位置也会乘以通用缩放因子

③POTCAR：它包含每个原子种类的赝势。赝势选择-设定一个假的势，提高计算效率

赝势：

        如果波函数的能量非常高的话，我们就需要用比较大的截断能，这样就显著增大的计算量。事实上，我们知道，原子内核的电子(core electrons)是符合这个条件的，它们的能量都大于外层成键电子。但是计算内层电子的波函数是一个吃力不讨论好的事情，因为它们对于化学成键以及材料的物理性质的影响并不是很大。

        所以我们不如不去算它们，把它们连带原子核一起看成离子整体，在实际计算中，我们直接用一个势场来描述这个离子造成的势场，然后研究外层电子在这个离子势场中的运动特点。那么用来描述这个离子势场的函数我们就叫做赝势。

生成方式：

①vapskit=>104（当赝势文件夹路径内存在该元素/物质的势函数）

②获取含多个元素的结构的赝势：

cat ~/pot/Al/POTCAR ~/pot/C/POTCAR ~/pot/H/POTCAR > POTCAR

该顺序必须与POSCAR文件中定义的顺序相同，每个元素的赝势均需以行 End of Dataset 结尾

赝势类型：

④KPOINTS：指定用于对布里渊区进行采样的布洛赫矢量（k点），一般来说，k点的密度越高，计算结果越准确，因为更多的k点可以更好地表示布里渊区的特征。收敛此采样是许多与电子最小化有关的计算中的基本任务之一。规则网格是选择k点的最常见选择：

规则K点网络：此模式将自动生成一个网格，其中每个晶格向量被细分为明确定义的细分数。它提供了足够的灵活性和稳定性，应该是大多数生产计算的首选。选择细分数在KPOINTS文件中像这样

文件格式：

• 第一行是注释行。
• 第二行中，将k点数设置为0，表示自动网格生成。
• 第三行的第一个非空字符决定了网格的中心。可能的选择是 Γ 中心（G，g）或 Monkhorst-Pack 方案（M，m）。
• 指定所需的细分数在第四行，每个基矢方向的k点数，取点越多，计算量越大
• 可选择添加第五行来移动网格（s1，s2，s3）对于默认值。

网格中心类型选择：

Gamma：

Monkhorst-Pack：

两个网格的点间距相同。唯一的区别是偏移在 Monkhorst-Pack 网格的分子中。对于奇数个细分，该项为整数，因此两个网格由于周期性边界而一致。当细分数为偶数时，Γ 中心网格会偏移与 Monkhorst-Pack 相比。

生成方式：

vaspkit=>102=>1=>0.02

K点数取法：

k点数*晶格矢量长度=35，从这个数开始取

待补充