论文分析与讲解思路（1）--L3链路预测

之前总是把所有的科研想法和过程随手记录 感觉那样既耗费时间又效率太低。

直到今天上完课，看到吴老师（我的研究生导师）发了一个朋友圈，分享了之前研究生组会上的一篇论文。我想着，我也创建一个专门的账户来记录一下所学所想吧。

没错，这里说的就是我。看了吴老师今天发的朋友圈，结合里面的内容，我又重新整理了一下论文的思路，感觉受益匪浅。

这篇文章确实写得非常妙！它是发表于Nature上的一篇文章。

蛋白质相互作用网络（PPI）的数据量越来越大，因此，如何高效挖掘潜在的PPI是一个难题。过去人们使用的是一种基于TCP原理的链路预测方法，该方法依据的是社交网络的原理。即：两个人认识的朋友越多，他们就越有可能认识彼此。

 把它放在PPI网络上来讲，就是：倘若蛋白质X和蛋白质Y共享的相互作用伙伴越多，那么它们就越有可能相似并相互作用。这种方法预测PPI感觉还可以，但是它并没有真正的考虑生物学的意义。该文便指出了这一生物学意义并给出了正确的链路预测方法--L3，这也是本文的重点所在。

如上图所示，PPI本质上是蛋白质的结合。结合生物学的意义，我们可以看到，蛋白质之所以可以相互作用，说明它们之间有可以彼此互补结合的位点。注意看图形，X缺的一角正好可以与A、B、C、D的位角无缝拼接，这很好的解释了蛋白质相互作用的特点。之所以说TCP是错误的，它认为X和Y有多个公共邻居，相似度较大，很可能相互作用，但从上图可以看出，X和Y根本不可能结合相互作用。（引用吴老师的见解）。