ggplot2绘制回归曲线

最近在比较两个测序平台的单细胞数据，在reads-gene以及UMI-gene图的绘制中，要绘制回归曲线。

下面以我的数据为例子，简单讲一下ggplot2绘制回归曲线的方法

首先是我的数据，我将它命名为combined_capture1

下面是回归曲线，geom_smooth()用来绘制回归曲线，默认置信区间为95%（灰色部分），根据上表中的“Plantform”列分成两个平台绘图

ggplot(combined_capture1,aes(x=UMI,y=gene,colour=Plantform)) +geom_smooth()

如果想看原始数据，也就是一个个点，用geom_point()函数

ggplot(combined_capture1,aes(x=UMI,y=gene,colour=Plantform)) +geom_smooth()+geom_point()

如果想拟合的回归线是直线，可以在geom_smooth()中添加参数method=“lm”

 ggplot(combined_capture1,aes(x=UMI,y=gene,colour=Plantform)) +geom_smooth(method = "lm")

另外，想要改变线条的类型/取消置信区间，都可以调整geom_smooth()函数中的参数。linetype设置线条类型，se=FALSE取消置信区间

ggplot(combined_capture1,aes(x=UMI,y=gene,colour=Plantform)) +
geom_smooth(method="lm",linetype=5,se=FALSE)

最后，如果你想去掉背景色和网格线，可以用以下方法。theme_bw()去掉背景，theme()函数中的panel.grid.major、 panel.grid.minor去掉网格线，panel.border去掉边框线，最后的axis.line补上坐标轴。

ggplot(combined_capture1,aes(x=UMI,y=gene,colour=Plantform)) +
geom_smooth(method="lm",linetype=5,se=FALSE)+theme_bw()+
theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
panel.border = element_blank(),axis.line =element_line(colour = "black"))

以上只是我在做这张图时所用到的一些函数和参数。其实参数还有好多，大家可以在R中 ?函数名 自己去查一下~