LSF作业管理系统简易使用指南

LSF简易使用指南

LSF(Load Sharing Facility)是一个被广泛使用的作业管理系统,具有高吞吐、配置灵活的优点。通过 LSF 集中监控和调度,可以充分利用计算机的CPU、内存、磁盘等资源。

1. 登陆超算服务器

命令行窗口使用ssh登陆:

>>ssh username@address

username 是申请的账号用户名,address是服务器地址

然后输入密码,即可登陆LSF

除此之外还可以使用MobaXterm或FileZilla等软件登陆

2. 写Job.s脚本

#BSUB -L /bin/sh	//指定所用的执行shell,默认调用/bin/sh
#BSUB -J Jobname	//指定作业名,JobName用于在使用bjobs查看任务时,区分不同的Job
#BSUB -n Number     //指定作业所需的进程数
#BSUB -o %J.out		//J.out是程序运行结果的标准输出文件,J就是前面的JobName
#BSUB -e %J.err		//同上,错误输出文件
#BSUB -R span[ptile=number]	//请求使用每个节点中的number个核数
#BSUB -m "c07n13"	//指定提交的节点,如果提交到多个节点,节点之间用space分开
#BSUB -q dynamo		//指定提交的队列,动力学中心使用dynamo
mpirun  -np 32 ./mhdcase0H2_cylinder	//mpirun指定使用并行运算,-np是使用的核数,这里是32,后面的是可执行文件的相对路径文件名

3. 常用指令

提交的作业一般都有多个文件夹,文件数量很多,因此编译程序时一般都事先写好makefile文件,直接在命令行输入make指令,就一键编译完成了。

bsub < Job.s

一定注意不能在超算上直接mpirun -np number ./program 提交任务,一定要使用bsub指令提交作业

bjobs

查看当前自己提交的所有作业

bjobs -l JOBID 加上-l和某个作业的JOBID,可以查看该作业的详细信息

bkill JOBID

中止作业,杀死JOBID对应的作业,切记不要删错作业!!!

bpeek JOBID

显示作业的标准输出,监视作业运行

bhosts

查看节点使用情况,如果RUN列是0,就表示没有该节点没有人使用,MAX是该节点的进程数,status为closed就是不可用状态,Host_name就是节点名

HOST_NAME          STATUS       JL/U    MAX  NJOBS    RUN  SSUSP  USUSP    RSV

https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/en/SSWRJV_10.1.0/lsf_welcome/lsf_kc_cmd_ref.html

IBM的command指令集详解↑↑↑

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《国科大lsf作业调度系统和超算队列介绍.pdf》是对国家科学技术大学(以下简称国科大)的作业调度系统和超算队列进行介绍的文件。 国科大的作业调度系统采用了IBM的Load Sharing Facility(LSF)软件,LSF是一个高性能计算环境下广泛使用的作业调度和管理系统LSF能够根据用户提交的作业和集群资源的情况自动进行作业调度和管理,以提高作业的执行效率和集群的利用率。该系统能够有效地分配和管理集群的资源,提高超算的计算能力,满足用户的需求。 超算队列是指国科大超级计算中心按照一定规则和算法对用户提交的作业进行分配和排队的方式。超算队列能够根据作业的优先级、资源要求等进行作业排序和调度,以保证高优先级作业和重要计算任务的优先执行。通过合理设置和使用超算队列,国科大能够充分利用超级计算资源,提高计算效率和资源利用率。 该文件介绍了国科大的LSF作业调度系统的原理和功能,包括作业的提交和管理、资源的分配和调度等内容。同时也详细介绍了国科大超算队列的设置和调度策略,包括作业排队和优先级排序的算法、资源利用率的监控和统计等内容。 通过《国科大lsf作业调度系统和超算队列介绍.pdf》的阅读,用户可以了解国科大高性能计算环境下的作业调度和管理机制,以及超算队列的设置和调度策略。这有助于用户更好地使用国科大的超级计算资源,优化作业的执行效率和集群的资源利用率。
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