xiaoyan_jia的博客

原创 DTI数据预处理及tbss的批处理代码

批处理代码数据存放：DTI/sub01下存放sub01.nii.gz，sub01.bvec ，sub01.bval脚本存放：FSL文件夹下如下代码#!/bin/bashinput='/Users/xiaoyanjia/Desktop/working/study/test_data/FSL/DTI'for i in `ls ${input}`doecho ${i}fslroi ${input}/${i}/${i}.nii ${input}/${i}/${i}_b0 0 -1 0 -1 0..

原创 SPM批处理数据

这里采用的是MATLAB 代码批处理方法首先写上默认参数设置spm_get_defaultsglobal defaultsspm_jobman('initcfg');接下来依据自己的文件存放位置设置被试for 循环循环内部的代码依据:先用SPM设置其中一例被试的数据运行参数，此处以脑体积纵向雅克比率为例，打开spm，依次点击Batch-SPM-Tools-Longitudinal Registration-Pairwise Longitudinal Registration.

原创 DTI数据TBSS组间统计对比设计矩阵

对于不需要回归协变量的组间统计对比，可参照TBSS维基百科公布的事例即可，即如下假设数据包含7个control (命名为Con*）和11个患者（命名为PAT*）代码：cd …/statsdesign_ttest2 design 7 11randomise -i all_FA_skeletonised -o tbss -m mean_FA_skeleton_mask -d design.mat -t design.con -n 500 —T2对于需要回归协变量的统计对比，对于二分类数据，如性别可用

原创 MRI脑成像网络构建笔记1